Plant-RRBS 植物简化基因组甲基化

DNA甲基化在植物基因组中以CG、CHG和CHH三种碱基序列的胞嘧啶上发生(H=A,T或C),甲基化转移酶包括DRM,CMT和MET等。在植物中,DNA胞嘧啶的甲基化会导致基因表达的改变和转座因子的失活,修饰状态的改变可能产生具有不同表型状态的表观等位基因。

全基因组亚硫酸盐测序(WGBS)是植物甲基化检测金标准。RRBS在哺乳动物甲基化检测中广泛应用,但对植物基因组C碱基甲基化检测覆盖度极为有限。易基因研究团队创建的双酶切DRRBS(Plant-RRBS)被同行研究证明,对千大基因组或植物群体基因组甲基化的检测极为有效,胞嘧啶覆盖广泛。

技术优势：

Ø  精确度高：在其覆盖范围内可达到单碱基分辨率。

Ø  重复性好：多样本的覆盖区域重复性可达到85%-95%，适用于多样本间的差异分析。

Ø  性价比高：测序区域针对高CpG区域,数据利用率更高。

Ø  原创技术：双酶切DRRBS原创技术;发表BMC genomics;陶谦教授极力推荐。

分析内容：

注：个性化分析、多组学关联分析请联系对接销售或技术支持

技术开发：

1、背景

基于RRBS位点覆盖缺陷性,研发更具代表性的简化基因组甲基化测序技术。

2、方法

通过几十种不同的限制性内切酶模拟评估,筛选MspI、ApekI和DpnII等酶切组合应用于动物、植物样本基因组甲基化检测,提高CG、CHG和CHH位点的覆盖度。

3、结论

双酶切RRBS可以显著提高哺乳动物基因组,特别是调控区域的CG位点覆盖度,对于MRD检测更加准确;Plant-RRBS对于植物基因组甲基化检测而言,与全基因组甲基化检测相比,可分析位点相当,但是测序深度更高。

双酶切RRBS对于MRD鉴定更准确

参考文献：

①     Junwen Wang, et al. Double restriction-enzyme digestion improves the coverage and accuracy of genome-wide CpG methylation profiling by reduced representation bisulfite sequencing, BMC Genomics. 2013 Jan 16;14:11.

②     Martin Schmidt, et al. Plant-RRBS, a bisulfite and next-generation sequencing-based methylome profiling method enriching for coverage of cytosine positions, BMC Plant Biol. 2017 Jul 6;17(1):115.

③     Martin Schmidt, et al. Plant-RRBS: DNA Methylome Profiling Adjusted to Plant Genomes, Utilizing Efficient Endonuclease Combinations, for Multi-Sample Studies, Methods Mol Biol. 2020;2093:65-80