易基因靶基因DNA羟甲基化测序（Target-ACE）——单碱基分辨率靶向DNA羟甲基化检测，精准解码表观调控
新兴的APOBEC-coupled epigenetic sequencing（ACE-seq）无需亚硫酸盐处理，处理起始量低，可在单碱基分辨率条件下进行DNA羟甲基化（5hmC）检测。易基因基于ACE-seq方法建立的靶基因羟甲基化高通量测序（Target-ACE）针对已有目标基因panel组合，运用自主研发的甲基化特异性多重PCR引物设计软件，结合APOBEC酶处理与多重PCR扩增，实现靶基因区域5hmC的超高深度单碱基精准检测。
Target-ACE技术优势
APOBEC酶特异性处理：保留5hmC修饰位点，通过后续PCR扩增与测序，直接定位5hmC位点，无需亚硫酸盐处理，避免DNA损伤。
多重PCR靶向富集：针对目标CpG区域设计特异性引物，通过多重PCR扩增，显著提升数据深度与检测灵敏度，尤其适用于低丰度样本（如微量组织、单细胞）。
高精度数据分析：结合spike-in Control定量校准转化效率，确保每个CpG位点的羟甲基化水平计算准确。
高通量与高性价比：单次实验可检测数十个靶区域，检测费用显著低于现有技术、快周期。
送样要求 | 项目周期 |
Ø 总量： DNA≥50ng，组织样本≥20mg，样本浓度≥10ng/ul，全血样本≥0.5ml，细胞样本细胞数≥1x106 Ø 样本状态：全血样本应使用普通 EDTA 抗凝管，避免使用肝素抗凝管；细胞样本应为活细胞冻存样本 Ø 纯度：OD260/280=1.8-2.0 Ø 样本完整性： DNA无明显降解与蛋白污染，根据凝胶电泳检测胶图判断 Ø 推荐数据量：1G raw data | 20个样本以下标准流程的运转周期约为36个工作日。遇到样本数目较多时，项目周期需要与技术支持人员确定。 |
经典案例
产前不良环境暴露通过改变发育中大脑中的 DNA 羟甲基化导致自闭症样行为
期刊：Advanced Science 影响因子： IF 14.1
研究通过特定基因APOBEC-coupled epigenetic sequencing（Target-ACE）和RNA-seq多组学分析揭示了母体孕期1-NP暴露会通过改变发育大脑中与中间神经元迁移相关的DNA羟甲基化调控下游基因表达，进而介导子代出现自闭症样行为表型。此外，研究还表明补充α-酮戊二酸（α-KG，TET酶的辅因子），可以逆转1-NP诱导的中间神经元迁移相关基因特定位点的低羟甲基化，缓解中间神经元迁移延迟并改善由1-NP引起的自闭症样行为。
图1：妊娠1-NP暴露对胎儿前脑中间神经元迁移相关基因羟甲基化的影响
图2：胎儿前脑中间神经元迁移相关基因富含5hmC的CpG位点的5hmC含量
参考文献：
Zhao T, Huang CQ, Zhang YH, Zhu YY, Chen XX, Wang T, Shao J, Meng XH, Huang Y, Wang H, Wang HL, Wang B, Xu DX. Prenatal 1-Nitropyrene Exposure Causes Autism-Like Behavior Partially by Altering DNA Hydroxymethylation in Developing Brain. Adv Sci (Weinh). 2024 May 16:e2306294. doi: 10.1002/advs.202306294.
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