胚胎植入前诊断（PGD）的PicoPLEX法全基因组拷贝数变异检测

低深度全基因组测序已经被引入用于植入前遗传诊断（PGD）中的染色体拷贝数变异（CNA）检测。CNA检测前的单细胞全基因组扩增以PicoPLEX WGA试剂为佳。

植入前基因筛查和诊断（PGS，PGD）是第三代试管婴儿技术，指体外受精（IVF）过程中所做的胚胎或卵母细胞测试，以便选择没有染色体变异或带有家族遗传疾病等位基因的胚胎，提高怀孕成功率，降低特定遗传病的传递风险。微阵列比较基因组杂交（arrayCGH）是IVF机构zui常用的PGS技术。

参考文献

Springer电子书《分子生物学方法》：

Deleye L., De Coninck D., Deforce D., Van Nieuwerburgh F. (2018) Genome-Wide Copy Number Alteration Detection in Preimplantation Genetic Diagnosis. In: Head S., Ordoukhanian P., Salomon D. (eds) Next Generation Sequencing. Methods in Molecular Biology, vol 1712. Humana Press, New York, NY

低深度全基因组测序相比arrayCGH有更高的分辨率和信噪比

胚胎植入前遗传诊断（PGD）染色体变异检测的传统方法是微阵列比较基因组杂交（arrayCGH），它的缺点是分辨率不高而且价格较高。

低深度的全基因组测序可以解决这些问题。

文献报道低深度全基因组测序是PGD染色体结构和数量异常检测的较好替换方法，15例病人47个囊胚3Mb以上的大规模平行测序（MPS）数据显示比基于arrayCGH的PGD更高的分辨率和信噪比。虽然基于MPS的胚胎筛查还没有长期的临床数据支持，但是已经有一些健康宝宝的案例。

低深度全基因组测序需要进行单细胞全基因组扩增。

Picoplex/SurePlex是胚胎植入前遗传诊断CNA检测的全基因组扩增技术

试管婴儿胚胎植入前的检查使用胚胎第5天的4-7个滋养层活检细胞。

这些细胞分析前需要对细胞内的基因组DNA进行全基因组扩增（WGA）。

因为样本的稀有（只有4-7个细胞），一般的WGA技术扩增后结果会有偏差。

需要根据应用的不同（不同的遗传多态类型）选择不同的WGA方法：

染色体拷贝数异常（CNA）检测使用Picoplex/SurePlex方法（Rubicon Genomics公司）较好，这一方法的CNA检测一致性较高，分辨率有3 MB。

注：SurePlex和PicoPLEX的技术是一样的，都是Rubicon Genomics公司的同一技术。

Picoplex/SurePlex法PGD流程

使用PicoPlex/SurePlex WGA试剂盒扩增细胞。

扩增DNA超声波剪切到200bp。

Illumina测序文库制备。

Illumina NextSeq500测序仪测序。

结果

4-6个囊胚细胞得到CNV数据，zui高达3Mb。

产品

单细胞全基因组扩增试剂

PicoPLEX® WGA Kit单细胞全基因组扩增试剂盒

PicoPLEX WGA Kit被IVF行业供应商如BlueGnome信赖并用于胚胎植入前遗传学筛查和诊断(PGS/PGD)。

英文名称：Rubicon PicoPLEX WGA Kit

中文名称：单细胞全基因组扩增试剂盒

品牌：Rubicon Genomics

货号：R30050或RB3050（TAKARA版）

用途：卵裂球和滋养外胚层细胞的植入前基因筛查（PGS）和需要单细胞扩增的循环肿瘤细胞（CTC）中的CNV检测。

从单细胞中扩增DNA构建高重复性的文库现在成为可能！PicoPLEX WGA kit采用技术，设计、优化用于从单细胞中扩增单拷贝基因组DNA。便捷的单管操作流程减少了手动操作的失误，缩短了获得结果的时间并降低背景。PicoPLEX WGA Kit同样也可用于6 pg至50 pg的纯化gDNA，并兼容微阵列比较基因组杂交（array CGH）分析及PCR。

DNA超声波打断管

Covaris DNA打断管 货号：520045

Illumina测序文库制备试剂

NEBNext Ultra II kit

Illumina NextSeq500上机测序试剂

华雅旗下红荣微再主营医疗核酸保存文库扩增等产品，授权代理(上海）Rubicon Genomics单细胞文库扩增试剂。