Phusion 热启动II高保真DNA聚合酶是DNA聚合酶和一个具可逆结合性能的，特异的Affibody蛋白的融合体，Affibody蛋白在常温下可抑制DNA聚合酶的活性，从而可有效阻止该酶非特异性的扩增。此外，Affibody配基可抑制该酶3’→5’外切酶的活性，因此阻止了建立反应体系时对引物和模板DNA的降解。在聚合温度，Affibody分子被释放，聚合酶充分活化。在PCR实验过程中，Phusion热启动II高保真DNA聚合酶不需要额外的激活步骤。