对生态系统呼吸进行估算的一种方法就是通过气室来进行，（i）可以是全封闭的生态系统（例如中型实验生态系，更小的植物群落例如草地），并对净生态系统二氧化碳交换量NEE进行直接测量，（ii）也可以是封闭部分生态系统组成（例如叶片，土壤等）的气室，这就需要在规模上进行额外的扩大。这两种方法在一定环境条件下都能收到很好的效果——温度和湿度的变化必须被降到低或者至少要记录下来。

    VSI可以提供用于野外和实验室内，定制式的生态系统呼吸室，它们通过各种大小的透明的聚碳酸酯（高透光性）材料板构成，通常用于温室气体的测量。如有需要，可提供模块化设计，用以在植物生长过程中调整气室的大小。每个衬圈周围的密封，和底板（如果需要使用中型实验生态系）的孔洞都保证了充分的气密性。对于野外的应用，可以在气室底部安装金属框架，来确保对于土壤的气密性。通过一个或者多个可调节的（方向和风速）风扇来实现室内气体流通，以实现室内气体的均匀性。通风设备的大小，风速和角度都是可调的，以避免对植物和红外气体分析（IRGA）测量产生不良影响。VSI可以提供用于一般红外气体分析（IRGA）的管连接板。环境监测系统，由温度（空气/叶片），rH(相对湿度)监测设备组成，内/外置的光合作用有效辐射（PAR）传感器可以基于需要进行开发。右图的气室（1250cm x 1250cm x 30-2000cm， W x D x H）是为Vienna大学定制的版本，用来测量不同生态系统的净生态系统碳交换量（NEE）。其他版本的生态系统呼吸室则是带有为使用方便和适于中型试验生态系自动封闭放置而设置铝支架的气室。