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组织芯片免疫组化染色是将多种组织以规则的微阵列方式排列于同一载体上，同时进行相同指标的免疫组化检测。具有体积小, 标本信息含量大 , 一次性实验即可获大量结果。实验条件更易控制一致，减少批间批内误差，结果更准确。节省试剂，节省人力物力等优点。
组织芯片实验流程：
切片脱蜡至水-抗原修复-3%的双氧水处理-画圈-血清封闭-一抗4℃过夜孵育-二抗室温孵育-显色-苏木素染核-脱水、透明、封片-镜检
注意事项：
1)石蜡切片制片，组织取样后应立即放入固定液中，避免冻存;
2)冰冻切片制片应取用新鲜组织，以免抗原丢失;
3)组织蜡块可以保存很长时间，但是石蜡切片理论上不能超过半年。
组织芯片原理：
1.选取待研究的组织。现在人们利用组织芯片技术对人体各组织均有研究，包括肝脏，前列腺，心脏，乳房等等，据相关数据显示，在大脑组织中的应用最多。医学上常选取一些病变器官进行研究。根据制作方法来分，微阵列主要有石蜡包埋的组织微阵列和冰冻微阵列两种。
2.经检测后标记出待研究的区域。组织微阵列的检测仪主要是高性能显微镜、荧光显微镜或共聚焦荧光显微镜。适用的检测技术有苏木精—HE染色，免疫组织化学(IHC)染色，原位杂交(ISH)，荧光原位杂交(FISH），原位PCR，寡核苷酸启动的原位DNA合成(PRINS)等。
3.使用组织芯片点样仪将标记好的组织按设计排列在空白蜡块模上。首先要利用打孔机在已经标记好的靶位点上进行打孔，将组织芯转入蜡块模孔中，重复操作可转入上千个样品组织芯。
4.使用切片机对阵列蜡块进行连续切片即获得组织芯片。根据制作方法来分，微阵列主要有石蜡包埋的组织微阵列和冰冻微阵列两种。后者可以克服上述前者的多种缺陷(含醛基的化合物(可能损伤RNA或使目标抗原结构断裂或破坏抗原——抗体结合位点，另外，石蜡包埋乙醇固定过的组织也无法避免RNA降解）。
组织芯片的出现，与基因芯片配合使用在寻找疾病基因中有很好的互补作用。在肿瘤研究中发挥着重要作用。将基因芯片筛选出的基因作成探针，再将探针与组织芯片中众多的肿瘤组织进行荧光原位杂交，寻找肿瘤发生发展的相关因素。
