RNA-Seq 有参常规转录组

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有RNA，可从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。同时，还能发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变剪切位点以及cSNP（编码序列单核苷酸多态性），提供转录组信息。

转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种进行检测，提供更精确的数据，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。

技术优势：

Ø  检测应用范围广：可用于任意已知基因组序列物种，高于6个数量级的动态检测范围，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本；

Ø  分析可靠性高：可进行全基因组mRNA分析,同时能够检测未知基因,发现新的转录本,并精确地识别可变剪切位点及cSNP，UTR区域；

Ø  单碱基分辨率：能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。

实验策略：

全基因组RNA→RNA片段化处理→反转录合成cDNA→DNA测序接头连接→PCR扩增文库→深度测序→Base Calling→RNA序列信息

分析内容：

注：个性化分析、多组学关联分析请联系对接销售或技术支持

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经典案例

水稻根系响应氧化石墨烯纳米片的应激反应与恢复模式

Qixing Zhou, and Xiangang Hu Systemic stress and recovery patterns of rice roots inresponse to graphene oxidenanosheets Environmental Science & Technology(2017),20 (1).

1、背景

随着社会的发展,纳米材料在生产应用中所占比重越来越大,特别是2D工程纳米材料氧化石墨烯(GO),已经广泛应用生物学,医学,化学和环境等领域:工程纳米材料GO的潜在风险引起了社会的关注,目前的研究中对于对纳米粒子的生物应激反应,而与压力恢复相关的信息在很大程度上是未知的;转录组学的研究可以提供更深入、详细的分析信息便于了解生物改变的机制。

2、方法

利用RNA-Seq测序技术,分析水稻根系响应氧化石墨烯纳米片的应激反应与恢复模式。

3、结论

对比研究的结果显示,GO影响水稻基因的转录表达,进而影响了水稻的生长发育,而水稻根通过多种代谢途径以及酶活性调节对GO的影响做出应对。

不同状态下小鼠胚胎干细胞的甲基化修饰比较

参考文献：

①     DOI:10.1021/acs.est.6b05591