scRNA 单/微量细胞转录组测序

常规转录组测序通常只能研究一个细胞群体的整体RNA转录水平,而单细胞/微量细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单个细胞/微量细胞水平对mRNA进行高通量测序的一项新技术。

易基因采用基于Smart-seq2的单细胞转录组建库技术,能够高灵敏度、无偏好地高效扩增单细胞转录本cDNA,针对单个细胞研究其整体水平的基因表达情况,可以解决常规RNA-seq在细胞分子机制研究中无法解决的细胞异质性、细胞量起始量少等问题。单细胞/微量细胞转录组测序技术主要用于在全基因组范围内挖掘基因调控网络,尤其适用于存在高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体。单细胞转录组分析有助于深入理解细胞分化、细胞重编程及转分化等过程及相关的基因调控网络。

技术优势：

Ø  超低起始量:单细胞或超低的建库RNA起始量；

Ø  全长mRNA测序：相比10xGenomics单细胞转录组测序,本技术除进行全长mRNA测序外，更多的可应用于多样本量单细胞检测。

实验策略：

材料选取→细胞样本制备(1～1000个新鲜细胞)→文库构建(smart-seq2)→文库质控→高通量测序

分析内容：

注：个性化分析、多组学关联分析请联系对接销售或技术支持

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经典案例

单细胞转录组测序揭示人CD127+先天淋巴细胞的异质性

Bjorklund, Asa K., et al. "The heterogeneity of human CD127+ innate lymphoid cells revealed by single-cell RNAsequencing." Natureimmunology 17.4 (2016):451.

1、背景

先天淋巴细胞(ILCs)是一种免疫细胞,它通过释放可溶性的因素调节对病毒、细菌和寄生虫的早期免疫反应,这些细胞可以根据细胞表面的转录因子及细胞因子被分为三个亚型,每种亚型都有不同的功能。

2、方法

利用流式细胞仪分选患有阻塞性睡眠呼吸暂停综合症患者的扁桃体组织中的ILCs(Lin-CD127+)和NK cels(CD45+Lin-CD127-NKG2A+CD56+CD16-)。采用Smart-seq2进行单细胞转录组扩增建库;lumina Hiseg 2000 3M reads /样本进行测序分析。

3、结论

1、细胞分型和亚细胞类型差异表达分析采用PCA(主成分分析)和t-SNE对ILC中847个表达的基因进行分型分析,将细胞分为4类:ILC1、LC2、LC3、NK cels,应用SCDE软件包对4类细胞的差异基因进行分析,找出共有及有差异基因,结果发现,CD127+LCs中共有的差异基因的表达量比NK细胞中明显要高。ILC1、ILC2、儿LC3差异基因表达分析,结果表明,LC1 cels共有79个上调表达基因,参与干扰素!的调控,儿C2 cells共有58个上调表达的基因,在前列腺素、Notch信号通路及环境感应中发挥作用,LC3 cells共有371个上调表达的基因,根据GO注释有85个与免疫相关,且存在未知功能的基因。

2.ILC3细胞亚型分析采用PCA和t-SNE分析ILC3中1.958个注释的免疫基因,将ILC3分为3个亚型:clusterA、cluster B、clusterc,通过对这3种亚型细胞的分析,发现了新的免疫细胞CD62L+ ILC3。本研究通过对648个单细胞进行单细胞转录组的分析,应用t-SNE细胞分型、SCDE基因差异表达分析,在ILC3中发现新的免疫细胞CD62L+ILC3。

参考文献：

①     DOI:10.1038/ni.3368