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二氧化碳培养箱箱内消毒
二氧化碳培养箱污染是导致细胞培养失败的一个主要因素，所以要减少和防止污染的发生，主要途径是尽量减少微生物可以生长的区域和表面，采取消毒措施。
例如，针对箱内湿热环境易滋生细菌等问题，采用在1000mL水中加2mL新洁尔灭液，定期用酒精和紫外线消毒箱内空气，培养物酒精擦拭入箱内，盘里的水至少要一周换一次，控制污染，可以维持适应的蒸发作用，减少箱内微生物滋生速度。
为了培养箱免受污染并且保证仪器箱体内的生物清洁性，有些二氧化碳培养箱设计了自动排除污染装置来有效防止污染的产生。目前有多种消毒灭菌方式，如带有紫外消毒功能的CO2培养箱。
还有的设计生产了HEPA过滤器能过滤培养箱内空气，可过滤除去99.97%的0.3μm以上的颗粒，此外，还有设计了能使箱内达到高温湿热的环境从而杀死污染微生物，达到消毒灭菌目的的培养箱。
 

二氧化碳培养箱零点飘移
培养箱使用过程中，二氧化碳零点会发生自然飘移现象，这种现象不能在箱面气体显示框中表现出来，使用者也不易觉察到飘移结果。二氧化碳零点是否飘移，可通过二氧化碳气体测试仪，从控制盘上的采样口可以采到培养箱内的气体，然后用气体色谱仪就可以测到二氧化碳浓度了。
二氧化碳培养箱零点的调整的步骤(一般以空气为标准来校零，每半年进行一次，以Thermo 3111型为例):
1、把二氧化碳浓度设定值设为零，目的是不让钢瓶中二氧化碳进入箱内。
2、打开所有的门5min，往水盆内加上水，关上所有的门，稳定12h以上。
3、等温湿度充分稳定后，观察二氧化碳浓度显示值是否为零，若不为零，校正至零(按Mode键至Cal档，按左键或右键选择至显示“CO2 CAL XX.X”，用上键或下键把数值调为零，然后按Enter键确认)。
4、重新把二氧化碳浓度设定值设回(如5.0%)。

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