大尺度鉴定miRNA靶点新方法

《自然—方法学》网络版近日介绍了瑞士苏黎世大学分子生命科学研究所迈克尔•恩加特纳(Michael O Hengartner)研究组发明的一种大尺度鉴定miRNA靶点新方法。

在过去几年中，随着实验和计算方法的发展和完善，miRNA靶点的鉴定和预测研究取得很大进展。然而，全面正确地鉴定miRNA的生物学相关靶点依然是个难点。恩加特纳研究组发明了一种叫做“选择性反应监测”(selected reaction monitoring，SRM)的方法，该方法利用有针对性的质谱技术实现了对miRNA-靶点互作的大尺度蛋白组学分析，进而对预测的靶点进行验证。

恩加特纳等人利用线虫let-7突变体及其野生型为实验材料。为了测定由于let-7突变体数量减少导致的蛋白含量的下降，恩加特纳等人对感兴趣的let-7突变体和野生型的蛋白提取物进行化学标记，之后对其进行SRM质谱分析，获得了可靠的目标蛋白的定量数据。该实验使用了一套let-7可能的靶点基因及一套对照基因。结果发现，161个蛋白中的29个蛋白的表达含量在突变体中发生变化，这可能是由于let-7基因和不同的靶点互作结果——该结果得到了独立下游实验包括遗传互作、多聚核糖体分析和荧光素酶检测的验证。

SRM技术可以作为一个验证工具来进一步探讨对于靶点的理解;此外，SRM也可能用来精细描述目标蛋白质组亚群，促进miRNA生物功能模型的研究。(科学网 任春晓/编译)

相关方法：“选择性反应监测”技术

完成人：迈克尔•恩加特纳研究组/吕迪•埃伯索尔德研究组

实验室：瑞士苏黎世大学分子生命科学研究所 苏黎世理工学院分子系统生物学研究所 苏黎世系统生理学和代谢疾病合作中心 瑞士弗雷德里希•*生物医药研究所 英国剑桥大学生物化学系 英国剑桥大学威康信托/英国格登癌症研究所 苏黎世大学理学院