氨基酸分析仪的测定原理是利用样品各种氨基酸组分的结构不同、酸碱性、极性及分子大小不同，在阳离子交换柱上将它们分离，采用不同pH值离子浓度的缓冲液将各氨基酸组分依次洗脱下来，再逐个以另*路的茚三酮试剂混合，然后共同流至螺旋反应管中，于一定温度下（通常为115～120℃）进行显色反应，形成在570nm有zui大吸收的蓝紫色产物。其中的羟脯氨酸与茚三酮反应生成黄色产物，其zui大吸收在440nm。

氨基酸分析仪的应用广泛，例如：
（一）医学上的应用
1.氨基酸代谢异常角度阐述了氨基酸与肝性脑病的关系；

2.血清中11种游离氨基酸的降低可直接影响人体组织的正常发育、生长；

3.必需氨基酸在创伤愈合中的关系；

4. 肿瘤组织氨基酸代谢的变化规律；
（二）饲料上的应用
1.质量控制各种饲料必需氨基酸的含量和它们之间的比例必须恰当，测定原料和产品中的氨基酸含量，以达到保证质量的目的；

2.真伪鉴别鱼粉氨基酸组成特点是赖氨酸、蛋氨酸含量高，氨基酸分析结果很容易就可以辨别真伪；

（三）农业、食品、饮料及其它

1.对玉米、大豆、小麦等农作物的氨基酸含量进行检测；

2.对果汁、饮料进行真伪的鉴别；

3.检验测定茶氨酸来鉴别真伪茶叶；

4.对酱油级别的认定。