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在正常情况下被确认为是机体“自我”组成部分，并不会触发免疫反应的正常细胞和组织，在自身免疫性疾病中却遭到免疫系统的攻击。自身免疫还可发生在感染性疾病和癌症中。
以往的研究结果表明，BACH2基因发生微小变异的人们往往会形成过敏或自身免疫性疾病，免疫系统缺陷是这些疾病的共同特点。在这项研究中，研究人员利用小鼠证实Bach2基因是免疫系统反应性的一个重要调控子。
发现免疫系统中的一个组件在调控免疫功能中起着如此广泛的作用，或可解释过敏和自身免疫性疾病患者通常BACH2基因发生改变的原因。国立卫生研究院下属国家癌症研究所研究人员Rahul Roychoudhuri博士说：“这有可能是为这些疾病开发新型治疗的*步。”
利用全基因组关联研究分析人们之间的遗传变异，确定特定变异是否与特殊性状相关，是获得这一研究发现的关键。这些研究表明，来自不同自身免疫性疾病患者的DNA中，BACH2基因往往有轻微变异，从而为新研究奠定了基础。
美国国家关节炎、肌肉骨骼病及皮肤研究所科学主任John O'Shea博士说：“有机会应用这一通过人类基因组计划认可的前沿技术，我们感到非常的兴奋。利用全基因组方法，我们能够探查Bach2对所有基因的作用。这使得我们能够更清楚地了解Bach2在免疫系统中的重要功能。”
免疫系统是由多种细胞类型构成，它们必须一致行动才能维持健康平衡。被称为CD4+T细胞的白细胞在免疫系统发挥双重作用。一些CD4+T细胞可激活免疫反应，而另一些称作为调节性T细胞的CD4+T细胞，则发挥反向功能抑制免疫反应。这一双重性作用非常重要，因为失控的免疫反应可造成免疫系统攻击机体自身细胞和组织，导致过敏和自身免疫性疾病。过度组织炎症是失控性免疫反应的一个标志。尽管组织炎症是免疫反应的一个常规组成部分，过度的炎症可导致组织和器官损伤，有可能潜在致命。据研究人员所说，目前对于CD4+T细胞变为激活/炎性T细胞或是调节性T细胞的机制还不是很清楚。
美国国家关节炎、肌肉骨骼病及皮肤研究所研究所Kiyoshi Hirahara 博士说：“我们发现Bach2基因在小鼠体内发挥重要作用，调控了炎性细胞和调节性细胞之间的切换。CD4+ T细胞缺失Bach2基因会使得它们变为炎性细胞，甚至在通常会导致保护性调节细胞形成的情况下。”
研究小组发现，当小鼠缺失Bach2基因时，它们的细胞会变为炎性细胞，小鼠在出生后的头几个月会死于自身免疫性疾病。当他们采用基因治疗将Bach2重新插入到Bach2缺陷细胞中时，小鼠生成调节性细胞的能力得到恢复。
国家癌症研究所课题负责人Nicholas P. Restifo博士说：“尽管从前发现了一些在炎性细胞或调节性细胞中起特定作用的基因，Bach2调控了两种细胞类型之间的选择，因此它在维持免疫系统健康平衡中发挥了关键性的作用。这一基因和作曲家Bach共享其名是恰当的，它编排了免疫反应中的许多元件，这些元件就像管弦乐队中的各种乐器一样，必须一致行动才能演奏出和谐的交响乐。”
Restifo认为，这些研究发现对于癌症也具有重要意义，因为癌症借助于调节性T细胞阻止了抗免疫反应破坏它们。Restifo和同事们现正努力尝试操纵Bach2基因活性，目的是开发出一种新的癌症免疫治疗。在研究结果可以被应用到临床环境中之前，在小鼠体内开展的这项研究必须能够在人类得到复制
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