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液相色谱柱是液体色谱分析仪的核心组件，由柱管、筛板、接头等部件构成，主要分为分析型、制备型和保护柱三类。分析型色谱柱根据内径差异分为常规分析柱（4.0-4.6mm）、窄径柱（1.0-2.1mm）及毛细管柱（0.2-0.5mm），制备型则涵盖半制备柱（5-10mm）和制备柱（21.2-50mm）。
填料基质：
1.硅胶基质-pH 2-8-高或低pH下，硅胶会溶解。
2.Al2O3·nH2O-pH1-14-化学修饰困难。
3.聚合物基质-pH1-14-孔结构复杂，孔径不均匀导致柱效不够高，有机溶剂可能导致聚合。物基质溶涨而受损
在选择色谱柱之前，先多了解自己的样品和杂质，他们的类型结构、极性、酸碱性、分子量大小等等。
1.若样品是碱性的；可选择高纯硅胶柱（高纯硅胶缺少金属杂质，且硅胶端基封尾）或一些经过修饰的C18柱（如极性嵌入技术或碱去活技术等），他们都会减少碱性化合物的拖尾，一般会选择中性或偏碱的条件下做，因为这样可增加碱性样品的保留。
2.样品是极性的且弱酸性的；就可以选择C18在100%酸性水溶液条件下检测，即要选择承受100%纯水且对极性化合物保留很好的色谱柱。
3.如果样品极性太强或酸性太强；可以选择CN，NH2，或硅胶柱，HILIC（亲水色谱），也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱（缺点是离子对试剂平衡时间长，对流动相pH要求比较精密，否则很难重复实验，另外离子对试剂很难洗下来，基本上用了离子对的色谱柱就不能再用于其它实验）。
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