手机版
化工仪器网手机版
化工仪器网小程序
官方微信
公众号：chem17
扫码关注视频号
背景介绍
互作转录组测序技术Dual RNA-seq，是研究宿主和微生物互作的技术，无需分离物种，一次实验同时分析两个或多个互作物种间基因表达的动态变化，并通过互作模型图获得物种间基因的调控关系，得到物种间相互作用的机制。
最初互作转录组测序技术主要应用于一些疾病研究上如感染性肺炎、炎症性肠病、龋齿、牙周炎等常见慢性感染性疾病上。后来，互作转录组延伸到肠道、呼吸道、皮肤、口腔微生物等研究，从单纯的原核微生物到后来的真核微生物互作。再之后，植物-微生物互作也被广泛研究。
技术路线
图.Dual RNA-seq实验流程：W.T. et. al,2017
技术应用
医学领域
研究病原体致病机制；
探索宿主免疫应答机制。
农业领域
动植物病虫害防治；
生物共生关系研究。
实验方案
步骤 | 产品推荐 | 产品货号 |
宿主-微生物共提取 | MolPure® Magnetic Pathogen DNA/RNA Kit 磁珠法病原DNA/RNA提取试剂盒 | 18306ES |
gDNA消化 | Deoxyribonuclease I (DNase I) from bovine pancreas | 10607ES |
rRNA去除或者polyA捕获 | 磁珠法微生物核糖体去除盒+磁珠法被子植物核糖体去除试剂盒 （植物-微生物互作） 或 磁珠法哺乳动物通用核糖体去除试剂盒+磁珠法原核微生物核糖体去除试剂盒（动物-微生物互作） | 12262ES+12264ES或12266ES+12264ES |
Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit V2 （polyA 捕获，适合互作微生物为真菌） | 12629ES | |
total RNA建库 | Hieff NGS ® EvoMax RNA Library Prep Kit（dUTP） | 12340ES |
测序 | Illumina或者MGI | |
建议实验时，选择带UMI标签的接头，如13370ES~13371ES（Illumina）/13367ES~13368ES（MGI） | ||
（该实验方案参考文献编写）
要点强调：
Dual RNA-seq的关键点有两个，一个是样本的选择，需要取到被感染到的样本，但是取到了被感染的样本，寄生微生物的量也很有可能比较低比如取被寄生的植物叶片或根茎，提取 RNA，那么绝大部分都是植物的 RNA、取动物组织，提取 RNA，那么绝大部分还是被感染动物的 RNA等情况。 二是生信分析，dual RNA-seq生信分析时，需要有感染前后的差异比较以及差异基因是否参与了互作影响的精细分析。
参考文献：
1、Westermann A J, Barquist L, Vogel J. Resolving host-pathogen interactions by dual RNA-seq[J]. Plos Pathogens, 2017, 13(2):e1006033.
2、Wolf T, Kämmer P, Brunke S, et al. Two's company: studying interspecies relationships with dual RNA-seq[J]. Current Opinion in Microbiology, 2017, 42:7.
3、Marsh JW, Humphrys MS, Myers GSA. A Laboratory Methodology for Dual RNA-Sequencing of Bacteria and their Host Cells In Vitro. Front Microbiol. 2017 Sep 21;8:1830.
相关产品
免责声明
- 凡本网注明“来源：化工仪器网”的所有作品，均为浙江兴旺宝明通网络有限公司-化工仪器网合法拥有版权或有权使用的作品，未经本网授权不得转载、摘编或利用其它方式使用上述作品。已经本网授权使用作品的，应在授权范围内使用，并注明“来源：化工仪器网”。违反上述声明者，本网将追究其相关法律责任。
- 本网转载并注明自其他来源（非化工仪器网）的作品，目的在于传递更多信息，并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责，不承担此类作品侵权行为的直接责任及连带责任。其他媒体、网站或个人从本网转载时，必须保留本网注明的作品第一来源，并自负版权等法律责任。
- 如涉及作品内容、版权等问题，请在作品发表之日起一周内与本网联系，否则视为放弃相关权利。
采购中心
