分子互作实验CLIP交联免疫共沉淀

一、技术简介

CLIP(Cross-linking immunoprecipitation，交联免疫共沉淀）通过结合UV交联和免疫共沉淀的方法来分析蛋白与RNA相互作用的结合位点。

二、技术原理

CLIP技术利用紫外线照射使细胞内的RNA与RNA结合蛋白（RBP）发生共价交联，随后通过免疫沉淀的方法富集与特定RBP结合的RNA片段，再经过逆转录和高通量测序等步骤，获取RBP在体内的RNA结合位点和结合序列信息。

三、应用场景

1.蛋白质-RNA相互作用研究：确定特定蛋白质在体内的RNA结合位点和结合序列，揭示蛋白质在转录后调控中的作用机制。

2.疾病相关研究：通过比较正常和疾病状态下RBP的RNA结合情况，发现与疾病发生、发展相关的RNA结合事件和调控网络。

3.药物研发：为药物研发提供新的靶点和作用机制，帮助开发针对特定RNA结合蛋白或其调控的RNA分子的药物。

4.生物信息学分析：通过对CLIP-seq数据的生物信息学分析，预测RNA结合蛋白的结合位点和结合模式，构建RNA调控网络等。

四、技术优势

1.体内原位检测：能够在活体细胞内捕获蛋白质和RNA的相互作用，真实反映体内的生理状态。

2.较高特异性和严格的纯化：通过特异性抗体或标签纯化交联复合物，可有效去除非特异性结合的RNA和蛋白质，提高结果的可信度。

3.结合高通量测序：与高通量测序技术结合，可在全基因组范围内鉴定RBP的RNA结合位点和结合序列，获取丰富的信息。

五、样本类型

新鲜细胞（贴壁细胞/悬浮细胞），紫外交联后细胞样本。

六、样本需求

细胞样本：约1×10^7个（可以是1个10cm皿，或以悬浮细胞形式存储于离心管中，或1个T75瓶）；

交联细胞样本：254 nm，150 mJ/cm²标准UV交联处理细胞。

七、样本准备&运输

活细胞样本：距离较近的可以将养在皿/T75瓶/离心管内的新鲜细胞样本常温快递（最迟次日达）运输，本市内可闪送或亲自递送；

交联后细胞样本：-80℃冻存干冰运输。

八、需提供的试剂

检测用ChIP级抗体。

九、实验周期

1-2周（不包含测序）

十、其他

后续检测选择RT PCR时，需提供后续检测的位点。