ABI 4404689 3500xL 遗传分析仪用户指南

ABI 4404689 3500xL 遗传分析仪用户指南

一、产品概述

ABI 4404689 3500xL 遗传分析仪是赛默飞世尔科技（Thermo Fisher Scientific）旗下Applied Biosystems品牌推出的一款24道毛细管电泳平台，专为高通量基因分析设计。该仪器采用50 cm长毛细管阵列，单次运行时间约125分钟，支持基因片段分析、蛋白质质量分析及DNA测序等应用，广泛应用于法医学、临床诊断、药物基因组学及农业生物技术领域。

二、技术规格

• 毛细管配置：24道预装配毛细管阵列（50 cm长度），内置框架便于安装

• 运行时间：125分钟（标准测序模块）

• 检测灵敏度：支持≥420 bp读长（36 cm毛细管+POP-4™聚合物）

• 通量：

• HID模式：≥936份样品/天（POP-7™聚合物+50 cm毛细管）

• 测序模式：≥264份样品/天

• 操作系统：Windows 7 SP1（64位）

• 软件兼容性：GeneMapper® ID-X、Sequencing Analysis v5.4

• 耗材管理：RFID技术实时追踪聚合物、缓冲液及毛细管使用状态

• 运行环境：室温15–30°C，湿度20–80%（非冷凝）

三、核心功能与应用

1. 高精度片段分析

• 支持STR基因座分型、微卫星不稳定性（MSI）检测及SNP验证。

• 内标（如GeneScan™ 600 LIZ™）确保片段大小准确性，适用于法医人类身份鉴定及肿瘤遗传学研究。

2. 高通量测序

• 兼容POP-4™、POP-7™等多种聚合物，满足不同测序需求。

• 搭配BigDye® Terminator v3.1测序试剂盒，实现高效、准确的DNA测序。

3. 蛋白质质量分析

• 结合Hi-Di™ Formamide变性剂，可对蛋白质样品进行毛细管电泳分离，适用于蛋白质组学研究。

四、操作流程

（一）仪器准备

1. 开机自检

• 打开电脑及3500xL电源，启动3500 Data Collection Software。

• 监控系统状态，确保阴极缓冲液（CBC）、阳极缓冲液（ABC）及毛细管耗材充足。

2. 耗材安装

• 使用RFID扫描耗材包装，确认有效期及批次信息。

• 安装毛细管阵列时，确保毛细管未包被且无气泡。

（二）样品制备

1. 测序反应

• 推荐使用EdgeBio收集柱纯化质粒DNA（OD260/OD280=1.6–2.0，用量150–300 ng）。

• PCR产物测序前需纯化，避免引物二聚体干扰。

2. 上样体系

• 测序：10 μL Hi-Di™ Formamide + 10 μL纯化样品，振荡混匀后离心。

• 片段分析：按试剂盒说明配制上样体系（如甲酰胺、分子量内标、PCR产物）。

（三）运行设置

1. 创建平板

• 在3500 Data Collection Software中选择“Create Plate from Template”，输入平板名称及参数（如毛细管长度、聚合物类型）。

• 分配样品名称及检测项目（Assays），保存平板信息。

2. 启动运行

• 将96孔板放入自动进样器，点击“Start Run”。

• 运行过程中，可通过“Monitor Run”界面实时查看电泳图谱及电流、电压、温度（EPT）参数。

（四）数据分析

1. 原始数据导出

• 运行结束后，在“Review Results”界面查看电泳结果。

• 导出原始数据（ab1格式）至Sequencing Analysis v5.4进行碱基识别。

2. 结果解读

• 使用GeneMapper® ID-X软件分析STR分型结果，设置阈值及等位基因阶梯（Allelic Ladder）。

• 测序结果通过QC报告（如QV评分）评估碱基准确性。

五、维护与校准

1. 日常维护

• 每周检查阴极缓冲液液面，补充双蒸水至毛细管插入液面下。

• 清洁仪器表面，避免使用有机溶剂。

2. 校准

• 空间校准：选择“Maintainance → Calibrate → Spatial”，按提示完成校准。

• 光谱校准：更换毛细管或试剂盒时，执行光谱校准（需6色系统光谱校准试剂）。

3. 耗材更换

• 聚合物消耗：POP-4™（384份样品/14天）、POP-7™（960份样品/50次进样）。

• 毛细管寿命：建议每6–12个月更换一次。

六、注意事项

1. 安全规范

• 本仪器仅供科研使用，不可用于临床诊断。

• 操作时佩戴手套及护目镜，避免接触高浓度甲酰胺。

2. 环境要求

• 室温波动需控制在±2°C以内，湿度过高可能导致毛细管结露。

3. 故障排除

• 如遇毛细管堵塞，可尝试“Remove Bubbles”功能或联系技术支持。

• 数据质量异常时，检查耗材状态及校准参数。