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如何选择合适的琼脂糖？

来源：上海牧荣生物科技有限公司 2025年05月08日 15:50

Genaxxon 提供多种高质量琼脂糖，所有琼脂糖均具有低硫酸盐含量和低 EEO（电内渗）值。它们普遍适用于所有凝胶缓冲液系统，当然也不含 DNase 和 RNase。

仍然不确定哪种琼脂糖适合您的实验？下面的图表和选择指南将帮助您为您的应用做出的选择。

琼脂糖凝胶电泳：实用概述

琼脂糖凝胶的制备首先将琼脂糖溶解在电泳缓冲液（TAE 或 TBE）中。冷却后，琼脂糖形成凝胶，其孔径直接取决于琼脂糖浓度。浓度越高，毛孔越小，ge l 越紧。这种特性会影响分子的分离 – 较大的 DNA 片段比较小的 DNA 片段在凝胶中被阻挡得更多。

凝胶电泳的原理

在电场中，带负电的 DNA 分子通过凝胶的孔向正极迁移。较小的分子比较大的分子更快地通过孔，从而实现基于尺寸的分离。

可视化和文档

SafeGel 等荧光染料可替代有毒的溴化乙锭，使 DNA 条带可视化。DNA 条带的分析是使用 DNA 分子量标准作为大小和浓度的参考来完成的。

影响因素：琼脂糖和缓冲液

除了琼脂糖浓度外，琼脂糖的带电基团和使用的电泳缓冲液也会影响 DNA 分子分离：

琼脂糖的带电基团（丙酮酸和硫酸盐基团）决定了电内渗（EEO 值）
负硫酸根离子与凝胶基质结合，而阳离子（K+、Na+）可自由移动。在电泳过程中，两组相互移动，导致不需要的制动效果。因此，高 EEO 值（例如，琼脂糖中的高硫酸盐含量）会减慢 DNA 迁移并导致条带拖尾。
TAE 缓冲液：具有低离子强度和低缓冲能力。建议用于分离较大的 DNA 分子（从 1 kb 开始），以及之后分离分离的 DNA 时。
TBE 缓冲液：具有高离子强度和高缓冲能力。它与较小的 DNA 分子形成更清晰的条带，推荐用于分离小 DNA 分子（<1kb）。

GENAXXON 提供以下用于 DNA 分子分离的琼脂糖：

1. 高分辨率琼脂糖

能够分离小至 2-3 个碱基对的差异。
凝胶浓度最高可达 4%。
高分辨率琼脂糖可与其他琼脂糖混合。
将 Agarose Tiny （M3046）添加到 Agarose LE （M3044）中可显著提高分离性能和分离度。
Agarose Tiny （M3046）可以替代聚丙烯酰胺凝胶。

Genaxxon 提供几种高分辨率琼脂糖：

M3046 – 微小琼脂糖
M3047 – 琼脂糖 Tiny HT

低熔点琼脂糖

琼脂糖的熔解和凝胶化温度会受到化学修饰的影响，通常会减少负责交联琼脂糖扭曲多糖链的氢键数量。修饰程度直接影响琼脂糖的熔解和凝胶温度。

低熔点琼脂糖的特殊性质：

与标准琼脂糖相比，形成具有更高透明度的凝胶。
由于熔点低，非常适合从凝胶中快速提取 DNA。
适用于使用酶进行“凝胶内”DNA 处理。
非常适合使用凝胶提取试剂盒从凝胶中重新分离 DNA 和 RNA。
适合用 β-琼脂酶消化。
可以轻柔地分离大的 DNA 片段。
适用于细胞和组织培养（M3049 – Agarose LM – 低熔点）。
非常适合噬菌体噬菌斑测定。

GENAXXON 提供两种低熔点琼脂糖：

M3046 – 微小琼脂糖
M3049 - 琼脂糖 LM – 低熔点

GENAXXON 琼脂糖的应用

1. 印迹（Southern Blot）

首先用限制性内切酶消化 DNA，然后通过琼脂糖凝胶电泳分离。碱性处理将分离的 DNA 分裂成单链，然后将其转移到硝酸纤维素膜上（印迹）。添加与靶序列互补的标记 RNA 探针。如果序列存在于膜上，则探针与其结合（杂交），并且可以根据标记进行检测。

推荐用于印迹实验的琼脂糖：

M3044 – 琼脂糖 LE（标准琼脂糖）
M3054 – 琼脂糖 LE 片剂
M3047 – 琼脂糖 Tiny HT
M3051 – 琼脂糖 Mega

2. PFGE（脉冲场凝胶电泳）

PFGE 是一种确定染色体 DNA 片段大小（30-50kb）、遗传指纹图谱、细菌基因组分型或病原体鉴定的方法。与正常琼脂糖凝胶电泳的不同之处在于使用周期性反转的电场，这显著提高了 30-50 kb 范围内的分辨率。

推荐用于 PFGE 的琼脂糖：

M3051 – 琼脂糖 Mega

3. 噬菌体噬菌斑测定

噬菌斑测定可检测和定量感染性病毒。对于细胞培养：孵育含病毒的琼脂糖层，孵育后刮掉琼脂糖并对细胞进行染色。病毒斑块表现为透明斑点。对于细菌培养：将敏感细菌与琼脂糖混合并铺板，然后加入病毒（噬菌体）。孵育后，噬菌体噬菌斑被评估为透明斑点。

推荐用于噬菌体噬菌斑测定的琼脂糖：

M3049 – 琼脂糖 LM – 低熔点

4. 免疫扩散

免疫扩散是一种用于检测抗原抗体反应的免疫化学测试。一种流行的方法是 Ouchterlony 测试，将抗原和抗体移液到琼脂糖涂层玻璃板上的预打孔中，然后它们相互扩散。在抗原和抗体以同等浓度相遇的地方形成沉淀线。

推荐用于免疫扩散的琼脂糖：

M3051 – 琼脂糖 Mega

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