使用基于适配子的抑制 DNA 聚合酶优化 SNP 分析：成功 PCR 的关键技巧

来源：上海牧荣生物科技有限公司 2025年05月08日 13:51

什么是适配子？

适配子是短的单链寡核苷酸，旨在识别并结合特定的靶分子，例如蛋白质或小分子。使用指数富集配体的系统进化（SELEX）过程，适配体的特异性和亲和力进行了优化。

在 PCR 应用中，适配体具有几个优点：

低分子量
易于修改
出色的稳定性

基于适配子的 DNA 聚合酶抑制

在 Genaxxon，寡适配体用于特异性抑制 SNP DNA 聚合酶的活性。这些适配体在低温下与聚合酶的活性位点结合，阻断其活性。只有当温度超过 54°C 时，适配体才会分离，从而允许反应继续进行。

由于适配体在较高温度下不会变性，因此当温度降至 54°C 以下时，它们会重新结合。这意味着，为了使用我们的 SNP DNA 聚合酶成功进行 SNP 分析，退火温度必须始终高于 55°C，以确保高效扩增。在引物设计过程中必须考虑这一点。

优化退火 T温度

如果退火温度低于 55°C，则扩增可能会显着减少或抑制。对于富含 AT 的序列，应使用较长的引物以确保更强的结合。

提高退火温度的另一种方法是使用锁核酸（LNA）。这些修饰的核酸于 1997 年由 Jesper Wengel （1）和 Takeshi Imanishi （2）独立描述，此后成为基于杂交的应用的主要成分。掺入单个 LNA 碱基会使每个 LNA 碱基引物的熔解或退火温度升高约 2-3°C （3， 4）。对于 SNP 分析，LNA 碱基最好位于引物的中间，因为将它们放置在末端附近效果较差。

结论

基于适配子的抑制剂在 SNP 分析中具有显著优势，特别是在精确的聚合酶活性控制和高特异性方面。然而，最佳的 PCR 性能需要足够高的退火温度。如有必要，可以使用 LNA 寡核苷酸进一步提高效率并获得最佳结果。

Genaxxon 提供特殊适体抑制的 DNA 聚合酶，非常适合 SNP 分析。这些高选择性酶经过专门修饰，可用于精确的 PCR 检测和突变检测，非常适合“大海捞针”的用途。

Literatur

1. LNA (Locked Nucleic Acids): Synthesis of the adenine, cytosine, guanine, 5-methylcytosine, thymine and uracil bicyclonucleoside monomers, oligomerisation, and unprecedented nucleic acid recognition. Koshkin AA, Singh SK, Nielsen P, Rajwanshi VK, Kumar R, Meldgaard M, Olsen CE, Wengel J; Biochemistry (2006), 45 (23), S. 7447–7455; doi:10.1021/bi060307w.

2. Synthesis of 2′-O,4′-C-methyleneuridine and -cytidine. Novel bicyclic nucleosides having a fixed C3, -endo sugar puckering. Obika S, Nanbu D, Hari Y, Morio KI, In Y, Ishida T, Imanishi T; Tetrahedron Letters (1997), 38 (50), S. 8735–8738; doi:10.1016/S0040-4039(97)10322-7.

3. Structures, dynamics, and stabilities of fully modified locked nucleic acid (β-D-LNA and α-L-LNA) duplexes in comparison to pure DNA and RNA duplexes. Suresh G, Priyakumar UD; J Phys Chem B. (2013), 117(18):5556-64. doi: 10.1021/jp4016068.

4. Biological Activity and Biotechnological Aspects of Locked Nucleid Acids. Lundin KE, Højland T, Hansen BR, Persson R, Bramsen JB, Kjems J, Koch T, Wengel J, Smith CI; Adv Genet. (2013), 82:47-107. doi: 10.1016/B978-0-12-407676-1.00002-0

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