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在材料科学、化学、生物工程等诸多领域，凝胶色谱仪都是的分析利器。它基于的分离原理，展现出显著优势。
凝胶色谱仪的核心原理是体积排除机理。其内部装填的多孔性凝胶或微粒，孔径大小与待分离的聚合物分子相近。当样品溶液流经色谱柱时，体积大的高分子化合物无法进入凝胶孔，会最先从凝胶粒间流出，淋出体积（时间）最小；而小分子化合物能从填料孔中穿过，行程相对较长，会较晚流出。如此，高聚物依分子量从大到小依次被淋出，通过已知分子量高分子聚合物的标准曲线，就能分析同系未知待测高分子化合物。
凝胶色谱仪的优势十分突出。首先，它不受样品极性影响，能有效分离色谱柱难以分开的样品，像脂肪类、蛋白及色素类大分子干扰物，在生物源样品中含量高且对色谱柱和进样口有潜在危害，使用凝胶色谱仪净化十分必要。其次，操作简便，设备简单，甚至仅需一根色谱柱即可工作，且重复性高，凝胶可反复使用，回收率接近100%。再者，凝胶为化学惰性，不带电荷，吸附力弱，分离条件缓和，分离过程不涉及化学键变化，不会影响分子生物学活性，对分离物的活性无不良影响。
此外，凝胶色谱仪分离的分子量范围宽，广泛应用于各种生化物质的分离纯化、脱盐、浓缩、去热原和脱色，以及分析测定等，为科研和工业生产提供了强大的技术支持。
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