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一套完整的分子蒸馏设备主要包括：分子蒸发器、脱气系统、进料系统、加热系统、冷却真空系统和控制系统。分子蒸馏装置的核心部分是分子蒸发器，其种类主要有3种：
(1)降膜式：为早期形式，结构简单，但由于液膜厚，效率差，当今世界各国很少采用；
(2)刮膜式：形成的液膜薄，分离效率高，但较降膜式结构复杂；
(3)离心式：离心力成膜，膜薄，蒸发效率高，但结构复杂，真空密封较难，设备的制造成本高。为提高分离效率，往往需要采用多级串联使用而实现不同物质的多级分离。
整套设备的物料管路均为夹套式设计，不仅能够处理室温下为液体的物料，也能处理高熔点的物料，能够满足熔点小于200℃物料的分离需求，使用范围广。装置采用高精度齿轮泵进出料，高精度齿轮泵能够将物料从超高负压平稳的输送到常压，物料无需积压，分离出多少打出去多，极大程度的保护了物料不会被破坏，对于热敏性物料尤为重要。而且连续的进出料方式，能够满足24小时不停机生产需求，极大的提高的分离提纯效率。
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