HPLCzui常见的一个问题就是溶剂中的污染物对分析结果的影响。

颗粒
颗粒可以损坏泵和注射器。颗粒也可以堵塞色谱柱并且熔化它，这会导致回压增大。颗粒还会表现为另一种固相，可能改变样品的组分。

有机物
超纯水中的有机物可能影响色谱峰的分离度和积分、可能导致鬼峰、还可能改变固定相的选测性以及影响色谱基线。

离子
离子浓度的改变会影响分离结果，部分能吸收UV的离子会对峰产生影响。某些有腐蚀性离子的还会降低高压输液泵等配件的使用寿命。

胶体
胶体会不可逆的吸附在固定相上面，影响柱的分离效果。

微生物
微生物会堵塞色谱柱，其代谢产物会增加有机物，颗粒等污染物

瓶装纯净水和蒸馏水
是目前部分HPLC分析中使用的纯净水，由于瓶装纯净水和蒸馏水均只是普通纯水而不是超纯水，水中仍含有少量离子和有机物等杂质，用以配制液相和洗脱液不仅可能污堵昂贵的色谱柱，也影响HPLC定出平坦的基线。

瓶装纯净水的纯化工艺，通常包括吸附、过滤、反渗透等，对颗粒性有机物的去除效果较好，但对微量离子及有机物的去除却不能满足高灵敏度的HPLC实验之需求，并且，由于其包装通常多为PVC瓶，透氧率高，同时存在一定的化学溶出量，从而污染瓶中的纯净水，尤其是保存一段时间后，水质下降更多，因此表现在HPLC色谱图上，虽无特定吸收峰，但基线存在较严重的不稳干扰。

蒸馏水是指用蒸馏方法制备的纯水。可分一次和多次蒸馏水。水经过一次蒸馏，不挥发的组分残留在容器中被除去，挥发的组分进入蒸馏水的初始馏分中，通常只收集馏分的中间部分，约占60％，要得到更纯的水，可在一次蒸馏水中加入碱性高锰酸钾溶液，除去有机物和二氧化碳；加入非挥发性的酸（硫酸或磷酸），使氨成为不挥发的铵盐。通过对双蒸水进行HPLC检测时发现，254nm和214nm在22-27分钟时都出现较强的吸收峰，这表明有疏水性较强的有机物污染，其原因应是蒸馏过程的共沸现象导致了某些挥发性有机物去除不*。

超纯水机综合了反渗透、离子交换、活性炭吸附、膜过滤、超滤及紫外光氧化等多种纯化工艺，产水电导率达到18.2MΩ•cm, 产水水质超过国标一级水标准且稳定可测，超纯水即取即用，不会因储存引入污染，水质有保证，较之使用瓶装纯净水或蒸馏水，更能满足用户高精度仪器分析的需要。