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BLI变身PLI? Octet又又又解锁新应用!

来源:德国赛多利斯集团   2024年04月16日 15:22  

利用噬菌体病毒选择性感染和杀死致病菌,称为噬菌体疗法。目前,噬菌体筛选的主要手段包括基于光学的测定,不能在复杂的介质中进行,如有色溶液、不均匀混合物或高粘度样品。


为应对这些挑战,研究人员采用基于生物层干涉技术(Biolayer interferometry,BLI)的Octet®非标记分子互作分析系统,建立了噬菌体层干涉术(Phage-layer interferometry,PLI)作为噬菌体伴随诊断方法[1]


PLI不仅为一种定量的噬菌体筛选方法,同时可以作为细菌检测平台。PLI易于自动化,还可以在复杂、不透明的介质中发挥作用,如婴儿配方奶粉。PLI方法的建立,将对预防食源性疾病及对抗AMR(抗生素耐药性)产生直接而广泛的影响。那么,PLI技术又是如何诞生的呢?接下来让我们一睹为快!

 

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图1. PLI实时监测细菌结合和裂解:

第1步,baseline,缓冲液平衡;

第2步,噬菌体固化在Octet®传感器上;

第3步,细菌结合;

第4步,缓冲液中解离

 

PLI方法开发

鉴于噬菌体T7展现出极高的治疗潜力,研究者因此选择其来合成噬菌体功能化的BLI传感器,用作PLI噬菌体生物传感器的原型。首先,将纯化的T7进行生物素化,并通过透析法去除多余生物素,然后T7-bio就可以固化在SA传感器上。


 

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上图:噬菌体生物素化示意图;左图:T7噬菌体固化的信号较高,说明其可以成功固化在SA传感器上

图2. T7噬菌体生物素化和传感器固化示意图

 


研究人员通过扫描电子显微镜(SEM)进一步确认了传感器表面的T7的功能化不受影响。固化后的噬菌体平均长度和直径分别为85±15nm和66±11nm,与之前研究报道的3D 冷冻电子断层扫描衍生模型计算出的尺寸非常吻合。由于Octet®传感器是由玻璃光纤制成,可以在SEM下直接观察。

 

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图3. 固定化T7颗粒的代表性SEM图像与冷冻电子断层扫描3D模型的比较

 

PLI方法评估

噬菌体宿主范围筛选:将T7传感器浸没在细菌肉汤培养物中并通过PLI信号随时间的变化来研究噬菌体-宿主动力学。通过BW25113(敏感菌株)和BW25113 ΔwaaCΔtrxA(耐药菌株)进行测试,发现BW25113与T7传感器的结合信号更强,并进行重复试验确认了PLI良好的重复性。这一发现证明PLI在研究噬菌体宿主范围时可通过比较噬菌体结合能力参数进行筛选。

 

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图4.细菌结合的PLI信号:BW25113(敏感菌株)PLI信号比BW25113 ΔwaaCΔtrxA(耐药菌株)高

 

量化噬菌体感染参数(如宿主结合和潜伏期):细菌结合后将传感器洗涤并在LB中孵育测量裂解动力学。由于细菌解离,BW25113和BW25113ΔwaaCΔtrxA前期检测信号略有下降。120分钟后,BW25113信号急剧增加后迅速降低,表明噬菌体感染引起细菌肿胀后裂解(划重点!在解离观察到信号起伏就说明细菌被噬菌体裂解了!)。而BW25113ΔwaaCΔtrxA没有产生“裂解”信号。考虑到PLI是实时的检测,所以在PLI中可观察到单个感染周期,因此可以推断噬菌体潜伏期,T7在室温下的潜伏时间为193 ± 26分钟。通过PLI测定潜伏期与传统方法相比操作更为简单。

 

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图5.在解离步骤中,PLI发现BW25113细菌裂解

 

研究人员还通过SEM确认了传感器的细菌裂解碎片上覆盖着T7(白色颗粒),从而证实噬菌体传感器诱导的细菌裂解。

 

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图6. 传感器表面上细菌裂解和裂解产物的代表性图像:C图为菌体开始裂解,但是菌体相对完整;D,E图为裂解后的细菌,并附着噬菌体

 

PLI实战1—能被噬菌体裂解的细菌筛选

研究人员使用ECOR集合(该集合包括来自世界各地的大肠杆菌菌株)中的30种细菌筛选T7宿主范围,并与传统的噬菌体筛选方法DLA(双琼脂覆盖试验)进行对比。结果显示PLI比传统方法具有更高灵敏度,如ECOR-16在DLA测定中未被确定为敏感,但在PLI检测中观察到裂解信号后,重新分析DLA培养皿,可在最浓缩的稀释度下显示出小斑块。可见,PLI测量噬菌体宿主范围的能力更强,并易于比较噬菌体感染参数如宿主结合动力学和潜伏期,从而实现更标准化的噬菌体候选物筛选过程。

 

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图7. PLI检测ECOR集合中 30 种菌株的结合和裂解

 

PLI实战2—奶粉中诊断细菌

由于噬菌体通过结合细菌来诊断细菌的存在,而Octet®具有在复杂样品中检测的能力,因此研究人员将PLI用于检测婴儿配方奶粉的细菌污染。婴儿配方奶粉是不透明的,很难通过传统的光谱方法进行分析。将T7生物传感器浸入婴儿配方奶粉中检测,与未污染的奶粉相比受污染的奶粉的结合信号更高。在LB培养基中解离,观察到受污染的奶粉检测信号存在裂解特征,未污染的奶粉仅显示非特异性结合分子从传感器表面的解离信号。

 

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图8. ​PLI检测污染的婴儿配方奶粉:左图,在奶粉中,噬菌体结合细菌PLI信号;右图,在LB培养基中解离,发现细菌的裂解信号

Octet®还提供其他配套的传感器固化病毒,比如本文还用AR2G(氨基偶联)传感器结合带正电荷的聚乙烯亚胺(PEI)聚合物,再捕获与噬菌体结合的细菌,并进行检测,其结果与生物素化后固化在SA传感器结果类似。

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以上就是BLI变身PLI的全过程,PLI之所以适合于复杂样本检测以及长时间(400-500mins)细菌裂解动力学监测,主要得益于Octet®技术特点,浸入即读的模式可以使检测样本不受限制,无流路的限制可以在长时间检测时节省大量样本!

 

除了以上优势Octet® BLI还具备以下特点:


  • 非标记Direct Binding是趋势,不需要标记和信号放大,可以更好的保持反应物的活性

  • 快速测定亲和力,提供结合速率常数和解离速率常数更加定量化地表征分子互作

  • 无洗涤步骤,可测弱亲和力(解离快)

  • 写入了美国药典,文章多,认可度广

  • 万金油技术,可以用与检测小分子,蛋白质等各种生物分子,还可以检测细菌,噬菌体等

  • 操作简便,耗材及维护成本低

 

 

-参考文献-

[1] Needham, P., Page, R. C., & Yehl, K. (2024). Phage-layer interferometry: a companion diagnostic for phage therapy and a bacterial testing platform. Scientific reports, 14(1), 6026. https://doi.org/10.1038/s41598-024-55776-1

 

 

 

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