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多肽合成仪是一种高效、自动化的仪器设备，广泛应用于生物医药、生物科学研究、医药化学等领域。其原理主要基于固相合成法，即在密闭的防爆玻璃反应器中使氨基酸按照已知顺序不断添加、反应、合成，最终得到多肽载体。这种合成方法大大减轻了每步产品提纯的难度。
多肽合成仪以固相合成为反应原理，首先将所要合成肽链的羟末端氨基酸的羟基，以共价键的结构和一个不溶性的高分子树脂相连，然后以此结合固相载体上的氨基酸作为氨基组份，经过脱去氨基保护基并同过量的活化羧基组分反应，接长肽链。通过重复操作，如缩合、洗涤、去保护、中和及洗涤、下一轮缩合等，达到所要合成的肽链长度。最后，将肽链从树脂上裂解下来，经过纯化等处理，即得所要的多肽。
根据多肽保护基团的不同，固相合成法又可以分为BOC固相合成法和FMOC固相合成法，α-氨基用BOC(叔丁氧羰基)保护的称为BOC固相合成法，α-氨基用FMOC(9-芴甲氧羰基)保护的称为FMOC固相合成法。
此外，市场上有多款多肽合成仪供选择，例如CEM公司的高通量微波多肽合成仪Liberty Prime 2.0，具有自动的氨基酸和试剂添加方式，合成规模可达0.0005~5mmol，合成纯度超过70%等特点。
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