ReadyAMP^®PCR直接扩增技术在细菌16s rDNA鉴定中应用

随着分子学的发展，细菌16S rDNA序列的鉴定逐渐成为细菌特征的“金标准”。大部分实验室中正逐步使用该方法替代传统细菌培养、生化鉴定等方法。16S rDNA因其序列在无中间的高度多样性，成为细菌分类研究的“分子钟”，素有“细菌化石”之称。

16S rDNA鉴定意义重大，主要体现在以下几个方面：

1、测序结果和已知细菌16S rDNA序列数据库进行比较，可以确定未知细菌的分类和物种关系。对临床微生物和环境微生物意义重大。

2、通过比较不同细菌的16S rDNA序列，可以推测相互之间的亲缘关系和进化关系，进而了解细菌的进化和演化史。

3、通过环境样本中细菌16S rDNA序列比较，可以分析和总结出不同细菌在不同环境下对自然界的功能和作用。

4、菌落中16S rDNA可变区进行鉴定，可提供菌落组成、表达丰度、以及系统进化分析。为菌落与环境、环境与人类的相互作用提供数据支持。

但是常规获得16S rDNA序列的方法如图1。实验室工作人员常用的细菌DNA提取试剂盒，也就是通用的离心柱式提取基因组

图1 传统离心柱提取和ReadyAMP®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒对比

DNA。作为传统且经典方法，该方法对长期从事提取工作的实验室人员来说存在几点难点：

1、提取时间长达40-90分钟

2、需要使用溶菌酶、蛋白酶K等酶类

3、需要使用多种设备，包括恒温浴、离心机等

4、革兰氏阳性菌产量低

针对以上痛点，我司开发了ReadyAMP^®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒，操作流程见图1。该方法最大的特点如下：

1、简单便捷、一步完成；

2、检测线低至10⁴个/mL细菌；

3、检测样本丰富，例如对数生长期菌液、菌斑、甘油菌等；

4、样本需求量低，例如菌液/甘油菌1-3μL、菌斑1个；

5、革兰氏阴性菌100%检出；

6、革兰氏阳性菌99.99%检出；

7、难培养样本有效；

8、珍贵样本有效；

已通过验证的菌包括：

案例A——对数生长期细菌快速扩增16S rDNA

以对数生长期菌液为模板，使用ReadyAMP^®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒（货号Nu-16S0101）扩增16S rDNA，以菌液对应硅胶柱提取基因组为对照。

案例B——菌斑快速扩增16S rDNA

以对单菌置生理盐水中为模板，使用ReadyAMP^®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒（货号Nu-16S0101）扩增16S rDNA，以菌液对应硅胶柱提取基因组为对照。