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首先，在打开原子荧光光度计的主机电源之前，要确定并安装相应的元素灯；并且打开氩气瓶主压力阀，调节压力阀使次级压力阀输出压力0.2～0.3MPa，调节载气与辅气流量；然后再打开原子荧光光度计预热大约15到30分钟；然后打开进入分析软件，输入相应参数进行检测；在测试结束后需要将进样管放入蒸馏水中冲洗反应系统，关闭氩气瓶压力阀，关闭蠕动泵开关，松开蠕动泵泵卡；最后关闭原子荧光光度计的主机和电脑电源。操作过程简单，容易上手。
需要注意的是在原子荧光光度计测试完成后一定要清洗。冲洗结束后，先关闭氩气瓶阀门，等到原子荧光光度计中的余气流尽，报警以后，关闭原子荧光光度计主机电源并松开蠕动泵的泵卡。等到仪器冷却后，为原子荧光光度计罩上仪器罩。等到数据处理之后，最后关闭测试软件。此外，需要额外注意的是仪器需要保持废液管的畅通，防止废液无法排除而造成废液的倒灌造成反应模块污染以及气瓶不要暴露在热源下，远离火花源、远离易燃品，足够通风。
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