菌种保藏是指保持微生物菌株的活力和遗传性状的技术。微生物在使用和传代过程中容易发生污染、变异甚至死亡，因而常常造成菌种的衰退。菌种保藏的目的就是使菌株存活、不丢失、不污染杂菌、不发生或少发生变异，保持菌种原有的活性和各种特征。菌种保藏的基本原理是使微生物的生命活动处于半休眠状态，也就是将微生物的新陈代谢作用限制在低范围内。

菌种保藏的方法很多，但原理大同小异。
首先要挑选优良纯种。利用微生物的孢子、芽孢及营养体；
其次，根据其生理、生化性，人为创造低温、干燥或缺氧等条件，抑制微生物的代谢作用，使其生命活动降低到极低的程度或处于休眠状态，从而延长菌种生命以及使菌种保持原有的形状，防止变异。不管采用哪种保藏方法，在菌种保存过程中要求不死亡、不污染杂菌和不退化。
短期：斜面保藏
斜面保藏是目前常用的短期保藏法，操作简单，使用方便，但需定期接种。因此工作量较大，而且传代次数多易发生变异，因此，仅适用于短期经常使用的菌种。
1. 配制培养基，营养成分浓度稍低为宜，特别是糖类尽可能降低，产酸菌种，则应添加少量碳酸钙；
2. 斜面装液量，斜面以倾斜后不超过试管长度1/2为宜；
3. 斜面培养，温度较最适稍低，时间较最适略长；
4. 生长完成后，密封置于2~8℃的低温培养箱中保藏。每传代一次，霉菌、放线菌及有芽孢的细菌可保存1~3个月，酵母菌2个月，细菌1个月。
活化使用：
将斜面从低温培养箱中取出，细菌挑取菌落增菌，或霉菌切块传代培养，培养好即可使用。

长期：冷冻保藏
冷冻保藏是目前使用较为广泛的长期保藏法之一，适用于所各类微生物，较之于斜面保藏，减少了工作量，延长了保藏时间。
1. 准备斜面或平板新鲜培养物一个，10%的无菌甘油溶液；
2. 用甘油溶液将菌体或孢子洗脱下来，形成菌悬液；
3. 菌悬液分装，冻存管装液1mL/支，后置于程序降温盒；
4. 将程序降温盒置于-80℃冰箱冻存；
5. 可保藏1-2年。
活化使用：
1. 将冻存菌株置于冻存盒中取出，准备水浴溶解，切勿常温融化；
2. 将菌株迅速置于水浴速溶，细菌40℃，真菌30℃，约 2min全部溶解后接种到适宜培养基；
3. 采用适宜条件培养完成即可。