在文件鉴定中，通常使用的显微镜是光学显微镜和电子显微镜。

光学显微镜是利用可见光照明和放大物体，通过目镜或摄像系统观察文件的细微特征。这种显微镜通常配备有各种附件，如光源、滤色片、偏振片和干涉滤镜等，以增强观察效果。对于纸张纤维、墨迹、油墨、印章等细微特征的观察和鉴别，光学显微镜是非常重要的工具。

电子显微镜则利用电子替代了传统的光源，具有更高的放大倍数和分辨率。电子显微镜可以分为扫描电子显微镜（SEM）和透射电子显微镜（TEM）两种类型。SEM通常用于观察文件表面的形貌和结构，而TEM则可以观察更细微的结构，如纸张纤维和墨迹的内部结构。

除了光学显微镜和电子显微镜之外，还有其他的辅助工具可以帮助进行文件鉴定。例如，红外光谱仪可以用于检测文件中的特定化学成分，X射线荧光分析仪可以用于检测金属或非金属元素等。

总之，在文件鉴定中，选择合适的显微镜和其他辅助工具非常重要。这些工具可以帮助鉴定人员对文件的真伪、制作材料、制作方法等进行准确判断。同时，鉴定人员需要具备丰富的专业知识和经验，能够根据实际情况选择合适的工具和方法，并对结果进行准确的解读和判断。