在每瓶流动相中配有过滤器，应定期检查溶剂过滤器是否变色(尤其是盛放水相的溶剂瓶)，定期清洗溶剂过滤器及溶剂瓶，每三个月至少清洗一次。对于以下几点流动相部分的注意事项更是在每次使用都应当注意的。

应该使用HPLC级的溶剂，不能互相混溶的溶剂不可以直接切换。一般在水相和与其不能混溶的溶剂切换时，使用异丙醇作为过渡溶剂。

注意溶剂的截止波长。截止波长是指该溶剂可以在紫外检测器中使用的波长,低于该波长后,溶剂会有很强的紫外吸收，从而影响基线的稳定性、干扰对所分析物质的检测。

HPLC所使用的水必须是新鲜的和经过0.45μm滤膜过滤过的(RRLC则必须使用0.2μm滤膜过滤)。建议每天更换新鲜的水。长期不用时，必须把使用水的管路用有机溶剂置换，防止长霉。

仪器使用完后要采用适当的溶剂冲洗等方法维护色谱柱和系统。如果使用了缓冲盐一定先将盐要冲洗干净。

仪器长期不用时，最好不要使用纯乙腈封存。因为乙腈有生成聚合物的趋势。建议使用甲醇、甲醇/水或乙腈/水封存。