CleanPlex ®是一种超可扩展且超灵敏的NGS 扩增子测序技术。它具有高度先进的专有多重 PCR 引物设计算法、极其均匀的多重 PCR 扩增化学物质 和 创新的背景清洁化学物质。它们共同使得 CleanPlex 即用型和定制 NGS 面板能够突破传统的基于扩增子和基于混合捕获的目标富集技术的限制。

功能亮点：

• 超高的扩增均匀性和超低的PCR背景噪音（更准确的变异调用或更低的测序成本）

• 单管 3 小时工作流程，手动操作时间最少（轻松自动化）

• 兼容困难样品（降解的FFPE DNA、FFPE RNA、cfDNA、cfRNA）和主要测序平台（Illumina、Ion Torrent、Genapsys、MGI DNBSeq）

• 高的灵敏度（低至单细胞水平直接扩增*）

• 出色的面板大小可扩展性，单个多重 PCR 池中的扩增子数可达 20,000 多个

• 检测和分析单核苷酸变异（SNV）、小插入和缺失（Indels）、拷贝数变异（CNV）、基因融合/剪接变异、基因表达水平、肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、内部串联复制（ITD）等

以下是 CleanPlex DNA 扩增子测序文库制备的典型工作流程（图 2）。 CleanPlex DNA 工作流程涉及 3 个简单步骤，每个步骤包括热循环或孵育反应，然后使用磁珠进行文库纯化。简化的方案仅需 3 小时即可完成。在步骤 1 中，在多重 PCR 反应中扩增感兴趣的靶标。在步骤 2 中，引物二聚体、非特异性 PCR 产物和复杂的分子碎片在具有创新和专有 CleanPlex 背景清洁化学的消化反应中被生化去除。在步骤 3 中，通过 PCR 索引反应为文库添加样本索引条形码。输入材料可以是基因组 DNA 和从 FFPE、新鲜/冷冻组织或血液活检中提取的 DNA。通过在前面添加逆转录步骤，输入材料也可以是RNA。 （图3）