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分子相互作用仪可以用于研究分子之间的各种相互作用，如键合力、范德华力、氢键等。通过实验测量分子之间的相互作用能力，可以对分子的结构、性质和反应机理等进行深入了解。其中，分子间的氢键作用是一个重要的研究方向，它涉及到诸多领域，如催化、药物设计、材料科学等。分子作用仪可以用于研究氢键的强度、方向、长度等参数，从而为相关研究提供有效手段。
分子相互作用仪适用于各类小分子化合物、多肽、蛋白质、寡核苷酸和寡聚糖直至类脂、噬菌体、病毒和细胞等生物体系的免标记分析，广泛用于蛋白质组学研究，癌症研究，新药研发，信号传递，多分子复合物的结构和组装，分子识别，免疫调节，免疫测定法，疫苗开发，瞬时结合，配体垂钓，结合特异性，结构与功能的关系，酶反应等应用领域。
分子相互作用仪应用范围：
分析领域：分子相互作用模式的研究；动力学常数的测定；亲和常数测定，浓度的测量及构象变化的速率等。
生命科学研究领域：蛋白质组学研究、癌症研究、新药研发、信号传递、分子识别、热力学分析、免疫调节、免疫测定、疫苗开发、瞬时结合、配体垂钓、结合特异性、结构与功能的关系及酶反应等。
分析样品类型：小分子化合物、多肽、蛋白质、寡核苷酸、寡聚糖到类脂、脂质体，噬菌体、病毒样颗粒和细胞等。
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