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1.加装保护柱
保护柱的作用是过滤掉来自流动相和样品的化学“拉圾”同时也可以有效除去流动相和样品中的不溶物。尽管现在的色谱仪在流动相吸入口、进样阀后部以及在色谱柱的两端都装有1、2μm等不同孔径的滤器,但滤器只能除去不溶性颗粒而不能除去化学污然,因此,加装保护柱是必要的,特别是在分析中药、中成药等复杂混合物和生物样品时更是保护分析柱不可少的措施。
保护柱填料应与分析柱一致,粒径可较分析柱大。保护柱属消耗品,经过一定次数的样品分析(50～100次)后,出现柱压显著升高或峰形变坏或基线漂移时,应考虑更换保护柱。
2.过滤流动相和样品
流动相通常由水或缓冲溶液与有机溶剂混合而成,原则上,所有经过色谱柱的流动相均应过滤,但在实际操作上应视具体情况而有所区别:当有机溶剂用色谱纯级,水用石英亚沸水或其它超纯水时,在能确保水和有机溶剂的质量且没有受到污染时,过滤并无更多实际意义。
当流动相中含有缓冲盐时,则过滤是必要的,如前所述,当缓冲溶液放置一段时间(视环境温度不同而异,夏季一般不超过48h,冬季一般不超过一周)后,在使用前还应重新过滤。
所配制的样品试液在注入流路系统前均要经0.45μm（0.22μm则更好)孔径滤膜过滤。要注意区分水系和油系,二者不可混用,以防止滤膜溶解而造成污染。装流动相的容器和色谱系统中的在线滤器要定期清洗和更换,以避免滤器因过载而起不到过滤作用。
3.净化样品
当样品中含有对色谱柱有损害的化学成分,如产生永久性吸附的蛋白质、糖等有机分子和强吸附性物质,以及可能对柱填料产生破坏作用的基团离子。在进样前应尽可能对样品进行分离提纯以除去多余杂质组分。
4.避免过高的柱压
虽然高效液相色谱柱能耐受的压力可达6000psi(磅/平方英寸),但过高及过大的压力变化均会缩短色谱柱的寿命,避免的方法是：
(1)柱压过高时,尽可能采用较小的流速,以不超过柱最大允许压力的一半为宜。
(2)当流速较大时,应采取流速梯度的办法使流速分步到位。
(3)使用手动进样阀时,进样阀的切换要尽可能的快。否则
超过20%的压力冲击会很快使柱报废。当使用多柱联用时,柱切换要避免在高压下进行。
5.注意温度和酸碱度
一般以硅胶为基质的色谱柱最高使用温度不超过60℃，以低于40℃为宜，特别是在流动相pH接近使用限度时，更应降低使用温度。温度过高会加快键合相的水解和硅胶的溶解，从而，使填料性质改变，柱床塌陷，降低柱效，改变峰形。目前的键合硅胶色谱柱标示的pH适用范围可达2～10,但在实际使用时应避免极端的pH条件,特别是在偏碱性的条件(pH≥8)下使用,如必须要在极端的pH条件下使用时,可通过以下方法避免柱损害:
（1）在泵和进样阀之间加装预柱(饱和柱)来饱和流动相；
（2）降低使用温度；
（3）检验完毕后立即用与所使用的流动相互相混溶的“温和溶剂”彻底清洗。
6.正确及时的冲洗
开始试验前，应了解柱中当前是何种溶剂。对于新色谱柱,如无特殊说明均为评价报告中所用流动相。柱中当前溶剂一定要与分析样品所用流动相互溶,如不能混溶,要用与二者均能相互混溶的第三种溶剂过渡。异丙醇是能与各种溶剂混溶的试剂，可作为中介流动相使用。反相键合硅胶柱适宜的保存环境是纯甲醇,如分析用流动相为缓冲液2有机溶剂,可先用较低甲醇含量(<20%)的甲醇2水置换掉原来的纯甲醇,再进分析用流动相，以防止在柱内发生盐的沉淀；
试验结束后,要及时用适当的溶剂冲洗系统并最终过渡到纯甲醇冲洗,对于含有缓冲盐的流动相，最好的办法是先用与分析用流动相组成相同但不含缓冲盐的溶液进行冲洗，再逐步过渡到纯甲醇冲洗。多数报道冲洗液体积大约为柱容积的15～20倍,但最终要以基线是否平直、压力是否稳定决定。有些厂家的色谱柱标明了流动相中有机相的最低使用浓度为≥5%，使用时应给予注意。
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