Cy5.5 (Cyanine 5.5) 的荧光激发峰和发射峰分别在680和710 nm左右，是一种发近红外（NIR）荧光的花青素荧光染料。它的消光系数高，荧光也很亮，并且对pH不敏感，并且由于它的荧光波长（Em：710nm）恰好处于肌体组织近红外窗口 I 的区域（肌体的血液，体液和组织此区域背景荧光弱，而长波长穿透性强），所以Cy5.5常应用于小动物活体体内成像中。

Cy5.5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子，纳米粒等，它常见的使用是标记核酸分子（DNA和RNA）。

磺化Cy5.5水溶性非常好，所以可以在水相的标记反应体系中直接使用，不需要有机溶剂助溶，特别适合标记对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy5.5本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy5.5标记染料也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。如需脂溶性Cy5.5染料，应选择普通花青素（cyanine），即普通Cy5.5。

磺化Cy5.5水溶性非常好，所以可以在水相的标记反应体系中直接使用，不需要有机溶剂助溶，特别适合标记对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy5.5本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy5.5标记染料也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。如需脂溶性Cy5.5染料，应选择普通花青素（cyanine），即普通Cy5.5。