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原理：共聚焦系统的光源为离子激光器或HeNe激光器，光源发出的激光束通过照明针孔后成为点光源P。点光源P通过分束器进入高数值孔径显微物镜的成像系统成像后，在部分透明的被测样品内形成像点P。从像点P发出的散射光及反射光(波长为λ1)和其他荧光(波长λf>λ1),反方向经过物镜和分光镜后，入射到单点探测器。单点探测器由探测器和放置在探测器前的针孔组成，它可以减少探测器的有效面积。探测器一般使用的是光电倍增管或雪崩光电二极管，探测器接收到的电信号最后由计算机进行处理。
显微技术分析：一般荧光显微镜对于薄样品可获得清晰的图像，但当样品较厚时，物平面之外的荧光分子也会被激发，而这些光在像平面上是弥散的，因而干扰成像质量。20世纪50年代,Minsky发明了共聚焦显微成像方法，但直到20世纪70年代，激光光源和计算机技术的发展才使共聚焦技术真正得以实现。共聚焦的含义就是将聚焦平面以外的成像信息过滤，使其不在最终的成像结果中显示，首先将光线聚焦于一点或一线，然后对所要观察的平面进行扫描，焦平面以外的光线通过检测针孔隔离。
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