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一、疏水层析是利用蛋白质在高盐条件下吸附在疏水层析介质的疏水基团上，降低盐浓度时，不同蛋白按疏水性从弱到强依次被洗脱，从而达到分离纯化的目的。
二、与亲和层析、离子交换层析相比，疏水层析在分离过程中，分离介质与蛋白质分子之间的相互作用力较弱，蛋白质在层析分离中不易发生分子结构的激烈改变，不易丧失活性，因此其应用领域不断扩大，分离介质的种类也日益增多。
三、方式：
(1)pH的筛选，可以提高产物收率，pH值升高会减弱疏水作用，一般选择维持生物大分子的生物活性的中性条件(pH6~8)。
(2)疏水吸附作用随着温度的上升而增强，样品和纯化系统的温度需保持一致，温度对疏水层析的影响非常大。
(3)一般为低盐洗脱，或者需要更强的洗脱条件，可加入少量的有机溶剂或去垢剂。
四、疏水层析也称疏水作用层析(hydrophobicinteractionchromatographyHIC)。蛋白质表面一般有疏水与亲水基团，疏水层析是利用蛋白质表面某一部分具有疏水性，与带有疏水性的载体在高盐浓度时结合。在洗脱时，将盐浓度逐渐降低，因其疏水性不同而逐个地先后被洗脱而纯化，可用于分离其它方法不易纯化的蛋白质。
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