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可以从以下几点来参考选择合适的微量氧分析仪：
1、材质性：选择良好的管线，通常情况下管线材质以铜质或不锈钢为主，再者聚四氟乙烯管。禁止选乳胶管、白胶管之类，由于气密性和材质抗渗透性太差，在标准测量压力下误差太大，导致测量数据不准。我们在选择管线时候，通常我们选择6mm或1/4IN，也有选择3mm或1/8IN，总之，不锈钢管，清洗、脱脂，保持管内壁光滑洁净，对于痕量级(〈1PPMV)氧的分析，应选择内壁光滑的不锈钢管。所选择的阀门、接头，死体积应尽可能小。
2、保温性：由于水分也会影响测量的数值，防止样品中的水分在管壁上冷凝凝结，造成对微量氧的溶解吸收，应根据情况对取样管线采取绝热保温或伴热保温措施。例如检测液氮中的微量氧时，尤其要注意加温措施，不然，由于氧沸点低于氮沸点13度，样品气不均匀气化，会使测量值严重偏低。
3、微量氧分析仪的可靠性：我们通常尽可能的使用测量单位与微量氧分析仪测量单位接近，以免造成众多的因素，影响测量数据的可靠性。同样样品气中不能含有油类组分或固体颗粒物，以免引起渗透膜阻塞和污染。样品气中也不应含有硫化物、磷化物或酸性气体成分。这些组分会对燃料电池，特别是碱性燃料电池造成危害。
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