超高效液相色谱的理论基础为范德米特(VanDeemeter)方程。HETP=AdP+B/v+CdP2v式中:HETP为理论塔板高度;A为涡流扩散系数;dP为填料粒径;B为分子径向扩散系数;C为传质因子;v为流动相线速度。由该方程可得出结论:颗粒度越小柱效越高;每个颗粒度尺寸有自己的最佳柱效的流速;更小的颗粒度使最高柱效点向更高流速(线速度)方向移动,而且有更宽的线速度范围。所以降低颗粒度不但提高柱效,同时也提高速度。但是,应当看到在使用小颗粒的固定相时,会使$p大大增加,使用更高的流速会受到固定相的机械强度和色谱仪系统耐压性能的限制。然而,只要使用很小粒度的固定相,并且只有在达到最佳线速度时,其具有的高柱效和快速分离的特点,才能显现出来。因此要实现超高效液相色谱分析,除必须制备出装填粒度小于2Lm固定相的色谱柱外,还必须提供高压溶剂输送单元、低死体积的色谱系统、快速的检测器、快速自动进样器和高速数据采集、控制系统等。上述几个最新成果的组合,才促成超高效液相色谱的实现。  

如今，超高效液相色谱仪主要应用于：  

1.药物分析如天然产物中复杂组分的分析  

2.生化分析如蛋白质、多肽、代谢组学等生化样品  

3.食品分析如食品中农药残留的检测  

4.环境分析如水中微囊藻毒素的检测  

5.其他如化妆品中违禁品的检测