1. 取出培养器先检查包装是否完好无损，在无菌室内打开塑料包装袋。
　　2. 将培养器逐个插放在不锈钢座上。
　　3. 将集菌培养器的弹性软管装入智能集菌仪泵头，要求定位准确，软管走势顺畅。
　　4. 打开待检样品的瓶盖插针孔并消毒之，(若检测安瓿样品，先将安瓿颈部消毒，然后打开并将安瓿)样品瓶定位。
　　5. 拔去进样双芯针管之护套，插入样品瓶中，开启集菌仪，实施过滤集菌(应避免双芯针管进气，滤膜被药液浸湿，影响进气)。
　　6. 完成集菌后，若样品含抑菌物质，按药典 规范要求适当用冲洗液清洗，清洗方法与集菌过程相同。
　　7. 消毒培养基瓶插针孔处。
　　8. 摘下顶部空气滤器开口的胶塞，套在培养器底口上，用软管夹子，依次开闭软管，开启集菌仪，将培养基泵入的培养器内。
　　9. 用夹片夹闭与培养器连接部的软管，留下5～6cm软管，剪除其余部分，并将开口端插在空气过滤器开口上。
　　10. 分别按规定进行培养。
　　11. 观察培养情况，若需取样分离培养，可将软管消毒，用无菌注。