高压灭菌锅的应用范围广泛，在医疗、工厂、化工等单位都需要使用。设备都采用了微电脑智能化全自动控制，控制灭菌压力以及时间和温度，还有超温自动保护装置、进口断水检测装置、漏电保护装置、配置电保护装置等。这些都是现代化高科技的体现，为了广大消费者的安全使用，自然是要面面俱到。
高压灭菌锅使用前的准备应先去检查电源线和插头及插座是否安全、状态是否良好，如不安全应予以更换。其次，还需要使用一小盆盛有适量的冷水将排气软管插入到冷去水中。灭菌锅内加水时应注意水位在挡水板下为宜。使用的水源应该是使用去离子水。
由于高压灭菌锅内不仅产生高压，还会产生高温水蒸气，因此为了保障操作人员的安全，防治热空气突然喷出，对实验人员造成伤害，高压灭菌锅的开盖时机选择非常重要。
在使用时人们普遍存在两个误区：
一是认为当高压灭菌锅的压强表数值接近0MPa时就可以打开锅盖了，而实际上这个时候锅内人员有较高的压强，如果打开锅盖，不仅容易对实验人员造成伤害，而且后如果压强差值较大，还有可能直接使试管中的的培养基从试管中碰触，从而造成棉塞被污染，较松的试管塞还可能从试管上脱落。
另一个误区是认为当压强指针数值为0时，就可以立即打开锅盖取出灭菌物品了，实际上这种想法也是错误的，因为虽然表上显示的压强值为0，但是此时高温水蒸气依然很高，仍然有烫伤的危险，而且如果当时所处的室温较低的话，比如在冬季，那么在打开锅盖之后，冷空气的突然进入，还有可能造成玻璃器皿炸裂。
因此高压灭菌锅正确开盖实际应该是要确定压强值为0，并进行稍事降温之后再开盖，这样既不会导致内外压强差距较大，也不会造成内外温差较大，此时开盖，对试验人员和玻璃器皿的影响最小，也更安全。