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海藻糖适当食用对人体一般不会有害，但过量食用可能会对身体造成一些伤害，如可能会引起肠胃道不适，也可能会引起血糖波动或身体肥胖。
海藻糖属于新型天然糖类，通常由两个葡萄糖分子非还原性双糖组成，属于一种典型应激代谢物，可在寒冷、高热及高渗透压环境中，在细胞表面形成一层保护膜，帮助保护生物分子结构不被损害，有助于维持生命体征。
但如果过量食用海藻糖，会引起胃肠道刺激，可能会引起腹部胀痛和食欲下降等不良症状，具体影响程度因人而异。并且海藻糖属于糖分偏高的添加剂，如果人体过量摄入，可能会导致体内糖分升高，容易引起糖尿病，如果本身存在糖尿病，则会加重病情。此外，如果体内糖分过多，无法全消耗代谢，糖分产生堆积后也可能会引起身体肥胖。
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