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一、试剂驱动系统
一般地，DNA合成仪采用一定压力的惰性气体(氩气)或氮气及电磁阀组驱动液体试剂，也可采用氦气驱动试剂。某些合成仪采用sliderblock滑块系统及精密蠕动泵，可不采用气体为驱动系统。采用气体及电磁阀驱动液体试剂时，需首先将管路系统电磁阀前段，含试剂瓶组中压力加压到规定气压，通过合成管理软件或手动打开电磁阀(一般打开时间为数ms)，即可驱动液体试剂到所需的合成柱中。
二、输送电磁阀
试剂输送系统包括两个试剂阀块(8碱基仪器有3个)及2个或4个柱阀块。阀块控制气体和化学试剂流入柱子及出口。除亚磷酰胺和四唑以外，试剂和溶剂都被同时输送到所有活化柱。当有多个活化柱时，对流速的细微变化，以自动调节每个柱子的输送次数来补偿。每一个5—端口柱阀块将流出物导入废液口、DMT收集口，或DNA收集瓶，它也控制用于除去或冲洗柱内和柱阀块内的试剂的氩气。
三、电池
DNA合成仪一般带有锂电池，可以使用几年。当主电源断开时，所有的合成参数都被保留下来。这些参数包括储存的DNA序列，用户设定的循环、步骤和功能，以及瓶子使用资料等。如果正在合成中电源出现故障，合成将被中断，只有主电源恢复时合成才可重新开始。电池还保持合成仪内部的时钟计时。
四、亚磷酰胺瓶排气
除了加压外，亚磷酰胺瓶都是用压力排气管排气的。把亚磷酰胺放入仪器前，要用氩气排除空气使其净化。净化是通过输送管输送气体，当气体输送到瓶内时，空气经压力排气管排出。这是由瓶子更换步骤自动完成的。废液瓶是输送系统的低压侧，必须将出口与大气相通。要确保排气管通到通风柜。如果排气管阻塞，将会产生反压，试剂和溶剂的输送会受到抑制。
五、试剂和碱基瓶组
DNA合成仪一般需碱基瓶组及试剂瓶组。试剂瓶组一般最少为6个，含脱保护剂(Deb)、活化剂(act)、盖帽试剂A(capA)、盖帽试剂B(capB)、氧化剂(OXI)及洗脱乙腈(ACN)，每种仪器一般都多设置1-2个试剂瓶位，用于特殊产物的合成。碱基瓶组一般最少为4个标准碱基(A/C/G/T),同时搭配2-多个特殊碱基瓶位，用于荧光标记等合成。
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