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单细胞基因组学技术目前正应用得如火如荼，比如单细胞RNA测序（scRNA-seq）和染色质转座酶可接近性测序（ATAC-seq）。与传统的大量细胞测序方法相比，单细胞基因组学技术突出了细胞之间的差异，有助于更深入地了解样本材料。例如，scRNA-seq能够比较健康和疾病状态下的转录图谱，而ATAC-seq能够说明染色质可接近性及其对基因表达的影响。
不过，此类研究都需要对分离的细胞核进行准确计数，因为文库制备的要求是未裂解细胞的数量且样本中不含细胞团块和碎片。此外，许多单细胞基因组学技术都需要完整的细胞核才能正常运行。
细胞计数采用的方法？
台盼蓝染色法
台盼蓝染色是常用的对死活细胞进行分别计数的方法之一，染色原理是台盼蓝不能透过活细胞完整的细胞膜，故活细胞不着色；而死亡细胞的细胞膜损伤，染料透过细胞膜在细胞内富集而使细胞着蓝色。不过，台盼蓝染色并不一定能准确分辨有核细胞和细胞碎片，因此它往往低估细胞总数而高估细胞活力。
荧光细胞计数方法
吖啶橙/碘化丙啶（AO/PI）染色原理：活细胞经AO染色发出绿色荧光，而死细胞经PI染色发出红色荧光。重要的是，对背景复杂的细胞，比如说外周血单个核细胞，含有细胞碎片较多或成簇的细胞计数，避免了细胞碎片的检测。这种方法最近也应用在单细胞基因组学应用上，其中绿色对应了完整细胞，而红色对应了成功分离的细胞核。这种策略让研究人员能够计算未裂解的残留细胞占总细胞数的百分比，同时对细胞核进行计数，提示样本质量，帮助研究人员确定是否继续进行单细胞基因组学流程。
全自动荧光细胞分析仪明场+双色荧光通道的结合使实验更加简单快捷，同时还具备转染检测功能，更加拓宽了检测的宽度。检测细胞种类更加庞大，不仅适用于单纯的培养细胞，对从组织中、骨髓中、外周血、肺泡中、肝脏中分离出的种类和来源差异较大的细胞标本，也可以快速的计数和分析。通过荧光标记技术和图像分类识别技术对显微获取的荧光数字图像自动进行分析，获取细胞的死活状态、凋亡情况以及实现细胞的分类。
技术参数：
1、检测模式多样：非染色计数+染色计数+双色荧光计数+人工校准模式+转染
2、自动对焦，无需人工干预调焦
3、全自动载物台：可实现X、Y方向自动运动；符合显微镜计数标准，可自动采集4个标准面积区域；
4、像素：1000万彩色相机；
5、检测细胞直径范围：2-200μm；
6、测量细胞浓度范围：0.25x104-3×107个/mL；
7、可兼容重复使用标准玻璃计数板；
8、图像采集：点击计数键，仪器自动拍摄4个区域图像，自动完成采集、存储功能、识别、统计、生成报告等；图像可进行多通道叠加，图像可调节亮度
9、具备复孔计数模式:可自动获取同一计数片上两个样品槽中的细胞图像,软件自动计算平均值,结果更精准
10、模式识别功能：细胞碎片排除分析；成簇细胞的单个细胞计数；不规则细胞计数；提供的数据分析图表包括但不限于：细胞直径分析；细胞直径均值分析；细胞大小直方图；细胞直径-亮度散点图；细胞直径-亮度等高线图；生长曲线图；聚团分布图；四个区域细胞原始图；四个区域细胞死活识别标识图；四个区域拼接图；提供拼图看图工具，所有计数历史数据均可随时调出查看及追溯。
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