1、开始工作前，需要对洁净工作台进行杀菌处理，先提前30分钟按下电源开关，根据需要的生产参数进行设计控制，打开紫外线杀菌灯的开关，处理工作台内的细菌、微生物灯。离开洁净工作台后，在打开缓冲区域的紫外线杀菌灯。杀灭细菌后在关闭仪器。等待大约30分钟，让臭氧转化为氧气，避免影响工作人员的身体健康，在打开照明系统，启动风机，就可以使用洁净工作台。
2、工作人员使用完洁净工作台，还需要做好清洁措施，使用75%的酒精擦拭净化工作台面，关闭送风机。打开紫外线杀菌灯15秒，杀灭工作台中的细菌后，后关闭电源开关。
3、工作中需要使用的工具、仪器等要放入到洁净工作台中
4、工作人员会产生很多细菌和微粒。所以工作人员需要戴上一次性口罩、帽子以及医用乳胶手套。
5、可以适当的打开洁净工作台的移门进行操作，但是需要按照无菌操作规程操作。
6、做好清理工作后，需要做好记录。保证工作台的洁净度，不存在没有清洁的死角。