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利用传统流式细胞检测技术，研究人员可以分析成千上万个细胞，获得每个细胞的散射光信号和荧光信号，从而得到细胞群体的各种统计数据，但是传统流式细胞检测技术获得的细胞信息相对有限。细胞对研究人员来说，只是散点图上的一个点，而不是真实的细胞图像，缺乏细胞形态学、细胞结构及亚细胞水平信号分布的相关信息。要想获得细胞图像，研究人员就必须使用显微镜进行观察，但显微镜能够观察的细胞数量是非常有限的，很难提供细胞群体的量化与统计数据。
Amnis量化成像分析流式细胞仪巧妙地将流式细胞技术同荧光显微镜技术有机结合在一起，实现了上述两项技术单独均无法突破的应用瓶颈，为流式细胞技术开启了一扇崭新的大门。Amnis系统既具备流式细胞术的速度、灵敏度和分型能力，也具备显微镜的清晰图像和有效洞察力功能。
应用：细胞信号转导、细胞凋亡与自噬、内吞与共定位、胞内外共定位、DNA损伤与修复、表面和细胞内的共定位、细胞形变与趋化、细胞间相互作用、免疫突触、细胞周期与核有丝分裂、干细胞生物学、海洋学、微生物学、微核计数、寄生虫学等。
应用：
1.外泌体研究(可区分细胞内、外的荧光信号)；
2.通过图像分析细胞凋亡和坏死；
3.细胞自噬量化分析(定量单细胞中荧光斑点数)；
4.纳米材料吸收；
5.转运效率评估；
6.细胞形变；
7.免疫突触形成(细胞间相互作用)；
8.蛋白转位(共定位)；
9.高分率图像进一步分析。
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