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在选择色谱柱之前，先多了解自己的样品和杂质，他们的类型结构、极性、酸碱性、分子量大小等等。
1.样品是极性的且弱酸性的；就可以选择C18在酸性水溶液条件下检测，即要选择承受纯水且对极性化合物保留很好的色谱柱
2. 如果样品极性太强，或酸性太强；可以选择CN，NH2，或硅胶柱，HILIC（亲水色谱），也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱（缺点是离子对试剂平衡时间长，对流动相pH要求比较精密，否 则很难重复实验，另外离子对试剂很难洗下来，基本上用了离子对的色谱柱就不能再用于其它实验）
3. 若样品是碱性的；可选择高纯硅胶柱（高纯硅胶缺少金属杂质，且硅胶端基封尾）或一些经过修饰的C18柱（如极性嵌入技术或碱去活技术等），他们都会减少碱性化合物的拖尾，一般会选择中性或偏碱的条件下做，因为这样可增加碱性样品的保留
4.如果碱性化合物的极性太强，或碱性太强；可以选择宽pH的C18色谱柱在高pH值检测（优点是方法开发简单，缺点是目前实 现这一技术的色谱柱品牌比较少，价格也高）或者选用HILIC色谱柱（硅胶柱在反相条件下使用，这也是很经典的检测碱性样品的方法）选择强离子交换柱（缺点 是不能用来分析其它样品，对流动相pH要求比较精密，否则很难重复实验）也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱
色谱柱按用途可分为分析型和制备型两类
①常规分析柱（常量柱），内径2~5mm,柱长10~30cm；
②窄径柱（narrowbore），内径1~2mm，柱长10~20cm；
③毛细管柱（又称微柱microcolumn），内径0.2~0.5mm；
④半制备柱，内径＞5mm；
⑤实验室制备柱，内径20~40mm，柱长10~30cm；
⑥生产制备柱内径可达几十厘米。
色谱柱的性能除了与固定相性能有关外，还与填充技术有关。在正常条件下，填料粒度>20um时，干法填充制备柱较为合适；颗粒<20um时，湿法填充较为理想。填充方法一般有四种：
①高压匀浆法，多有用于分析柱和小规模制备柱的填充；
②径向加压法，Waters**；
③轴向加压法，主要用于装填大直径柱；
④干法，柱填充的技术性强，大多数实验室使用己填充好的商品柱。
须指出，高效液相色谱柱的获得，装填技术是重要环节，但根本问题还在于填料本身性能的优劣，以及配套的色谱仪系统的结构是否合理。
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