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液相色谱仪的系统由储液器、泵、进样器、色谱柱、检测器、记录仪等几部分组成。作为一种高精密仪器，液相色谱仪在使用过程中不按照正确方法操作的话，就容易导致一些问题。常见的有、柱压问题、漂移问题、峰形异常问题。
下面介绍一些液相色谱仪常见的峰形以及可能的原因：
1. 未出峰
可能的原因：
a. 未成功进样，或样品未溶解进溶剂中，或样品分解变质或样品浓度太低；
b. 液相色谱仪器本身的问题：泵或者检测器故障；
c. 流动相选择不合适，如对于反相硅胶柱来说，若流动相极性太大，是冲不下来一些小极性的物质的，物质一直保留在柱子中,因而不出峰；
d. 检测器不合适，如有些产品没有紫外吸收或者吸收很弱，但是检测还使用了UV检测器；
2.平头峰
可能的原因：
a. 样品浓度过大或进样体积太大，这个也是大多数原因；
b. 液相色谱仪检测器设置不正确；
3.负峰
可能的原因：
a. 流动相吸收本底值过高；
b. 进样过程中进入空气；
c. 样品组分的吸收低于流动相；
d. 配制样品的溶剂与流动相不一致；
4.肩峰
可能的原因:
a. 进样量过大，样品浓度过高；
b. 保护柱或色谱柱柱头堵塞；
c. 保护拄或色谱柱污染或失效；
d. 色谱柱柱头塌陷；
5.裂峰
可能的原因：
a. 溶剂效应：溶解样品用的溶剂和起始流动相极性相差太大；
b. 保护柱或色谱柱柱头堵塞；
c. 保护拄或色谱柱污染或失效；
d. 色谱柱柱头塌陷；
6.鬼峰
可能的原因：
鬼峰（ghost peak）是在某个谱图里出现，可能同样的条件再做一次又不出现了，时有时无的峰。
a. 进样阀残余峰，在每次进完样后用充足的时间来平衡和清洗系统；
b. 样品中存在未知物，改进样品的预处理；
c. 流动相污染，更换新流动相（或者换品牌）；尽可能现配现用,隔夜的流动相再次使用时要过滤；
d. 流路中有小的气泡，打开Purge阀，加大流速排除；
7. 前伸峰
可能的原因：
a. 进样量或样品浓度高；
b. 溶解样品的溶剂比流动相极性强；
c. 保护拄或色谱柱污染或失效；
d. 流动相不合适，更换新流动相（调pH或换种类、比例等）；
8. 拖尾峰
可能的原因：
a. 进样量或样品浓度高；
b. 流动相不合适，更换新流动相（调pH或换种类、比例等）；
c. 硅羟基作用：加入三乙胺，用碱致钝化柱增加缓冲液或盐的浓度降低流动相pH值，钝化样品；
d. 柱内烧结不锈钢失效：更换烧结不锈钢，加在线过滤器,过滤样品；
e. 色谱柱柱头塌陷或柱效下降：更换色谱柱
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