一、微笑形区带（两边翘起，中间凹下）：
形成原因：主要是由凝胶中间部分凝固不均匀引起的，多出现于较厚的凝胶中。
处理办法：待其充分凝固再做实验。

二、皱眉形区带（两边向下，中间鼓起）：
形成原因：主要出现在蛋白质垂直电泳槽中，一般是由两板之间的底部间隙气泡未排除干净引起的。
处理办法：可在两板之间加入适量缓冲液，以排除气泡。

三、区带拖尾：
形成原因：主要是由样品溶解效果不佳或分离胶浓度过大引起的。
处理办法：加样前离心；选择适当的样品缓冲液，加适量样品促溶剂；电泳缓冲液放置时间过长，重新配制；降低凝胶浓度。

四、区带出现纹理：
形成原因：主要是由样品不溶性颗粒引起的。
处理办法：加样前离心，加适量样品促溶剂。

五、鬼带：
形成原因：主要是由于还原剂在加热的过程中被氧化而失去活性，致使原来被解离的蛋白质分子重新折叠结合和亚基重新缔合，聚合成大分子，其分子量比目标区带大，有时不能进入分离胶。但它与目标区带有相同的免疫学活性，在免疫印迹反应中可见，能与目标区带对应的抗体作用。
处理办法：加热煮沸后再添加适量的DTT或Beta巯基乙醇，以补充不足的还原剂；加适量EDTA来阻止还原剂的氧化。

六、溴酚蓝不能起到指示作用：
形成原因：实验中常遇到溴酚蓝已跑出板底，但蛋白质却还未跑下来的现象，主要与缓冲液和分离胶的浓度有关。
处理办法：更换正确pH值的Buffer，降低分离胶浓度。

七、区带很粗：
形成原因：主要是由于浓缩胶未浓缩好。
处理办法：适当增加浓缩胶长度，保证浓缩胶贮液的pH正确（6.8），适当降低电压。

八、电泳电压很高而电流很低：
形成原因：主要是由于电泳槽没有正确装配，电流未形成通路。
处理办法：电泳槽正确装配。