常见的DNA损伤类型有哪些？

欢迎联系我

有什么可以帮您？在线咨询

来源：深圳市安培生物科技有限公司 2021年10月25日 13:16

说起DNA损伤修复，相信大家都很熟悉，但小编今日还是要跟大家再唠唠这个话题，讲讲在二代建库中，如果DNA存在损伤，那常见的损伤类型有哪些呢？而这些损伤又是如何进行修复的呢？

损伤的形成

常见的DNA损伤有两种，一种是由DNA复制中的错误或DNA自发性的化学变化引起的自发性损伤，一种是由物理或化学等外界环境因素引起的被动性损伤。这些损伤如果发生在活体中，会由机体进行自发性修复，但如果损伤严重，不能*修复，长时间则会引起机体老化或肿瘤等疾病的发生。

在建库过程中，我们遇到的DNA损伤多为外界环境引起的被动性损伤，如高温，紫外照射，甲醛固定等等，而这些损伤既不是机体本身具有的，也不能通过机体自身的机制来进行修复，所以，为了获得准确的样本基因信息，后期的人为修复是定不可少的啦！

常见的损伤类型及修复模式

针对FFPE，cfDNA样本，影响文库构建的常见损伤类型可以分为：胞嘧啶脱氨，AP位点，Gap，Nick，3’端封闭等，接下来，小编对这几种损伤进行简单的介绍：

胞嘧啶脱氨

是指胞嘧啶的环外氨基在亚硝酸盐等氧化剂存在的情况下发生脱落，形成尿嘧啶，原本的CG位点就变成了UG位点。修复时，新形成的尿嘧啶可被专一的N-糖苷酶切除，然后用AP核酸内切酶打开磷酸二酯键，进行切除修复。

AP位点

又被称为脱嘌呤或嘧啶位点：AP核酸内切酶可识别DNA上的AP位点，切开AP位点附近的DNA链，然后在DNA聚合酶和DNA连接酶的作用下完成修复。

Gap和Nick均属于单键断裂

Gap和Nick均属于单链断裂的损伤类型，多由氧化或β糖苷键发生水解造成。在修复时，会有相应的DNA聚合酶和DNA连接酶进行损伤位点的识别与感应，完成断裂单链的修复。

3‘端封闭

最后再说说3‘端封闭，一般是3‘末端被其他基团封闭造成，DNA分子不能正常进行延伸或连接反应。这种损伤类型的修复方式需要将封闭的基团切除，暴露出羟基，再由DNA聚合酶和DNA连接酶来完成修复。

图1. DNA损伤后修复建库示意图

以上提到的5种损伤形式，都会影响文库的正常构建以及样本基因信息的准确性。

凡本网注明“来源：化工仪器网”的所有作品，均为浙江兴旺宝明通网络有限公司-化工仪器网合法拥有版权或有权使用的作品，未经本网授权不得转载、摘编或利用其它方式使用上述作品。已经本网授权使用作品的，应在授权范围内使用，并注明“来源：化工仪器网”。违反上述声明者，本网将追究其相关法律责任。
本网转载并注明自其他来源（非化工仪器网）的作品，目的在于传递更多信息，并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责，不承担此类作品侵权行为的直接责任及连带责任。其他媒体、网站或个人从本网转载时，必须保留本网注明的作品第一来源，并自负版权等法律责任。
如涉及作品内容、版权等问题，请在作品发表之日起一周内与本网联系，否则视为放弃相关权利。

联系我们