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菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，它是由数以万计相同的细菌集合而成。当样品被稀释到一定程度，与培养基混合，在一定培养条件下，每个能够生长繁殖的细菌细胞都可以在平板上形成一个可见的菌落。
菌落总数就是指在一定条件下(如需氧情况、营养条件、pH、培养温度和时间等)每克(每毫升)检样所生长出来的细菌菌落总数。按国家标准方法规定，即在需氧情况下，37℃培养48h，能在普通营养琼脂平板上生长的细菌菌落总数，所以厌氧或微需氧菌、有特殊营养要求的以及非嗜中温的细菌，由于现有条件不能满足其生理需求，故难以繁殖生长。因此菌落总数并不表示实际中的所有细菌总数，菌落总数并不能区分其中细菌的种类，所以有时被称为杂菌数，需氧菌数等。
菌落计数的注意事项
1、到达规定培养时间，应立即计数。如果不能立即计数，应将平板放置于0-4℃，但不得超过24h。
2、计数时应选取菌落数在30-300 CFU之间的平板，若有二个稀释度均在30-300 CFU之间时，按国家标准方法要求应以二者比值决定，比值小于或等于2取平均数，比值大于2则其较小数字(有的规定不考虑其比值大小，均以平均数报告)。
3、若所有稀释度均不在计数区间。如均大于300 CFU，则取最高稀释度的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。如均小于30 CFU，则以至低稀释度的平均菌落数乘稀释倍数报告之。如菌落数有的大于300 CFU，有的又小于30 CFU，但均不在30-300 CFU之间，则应以接近300 CFU或30 CFU的平均菌落数乘以稀释倍数报告之。如所有稀释度均无菌落生长，则应按小于1乘以至低稀释倍数报告之。有的规定对上述几种情况计算出的菌落数按估算值报告。
4、不同稀释度的菌落数应与稀释倍数成反比(同一稀释度的二个平板的菌落数应基本接近)，即稀释倍数愈高菌落数愈少，稀释倍数愈低菌落数愈多。如出现逆反现象，则应视为检验中的差错(有的食品有时可能出现逆反现象，如酸性饮料等)，不应作为检样计数报告的依据。
5、当平板上有链状菌落生长时，如呈链状生长的菌落之间无任何明显界限，则应作为一个菌落计，如存在有几条不同来源的链，则每条链均应按一个菌落计算，不要把链上生长的每一个菌落分开计数。如有片状菌落生长，该平板一般不宜采用，如片状菌落不到平板一半，而另一半又分布均匀，则可以半个平板的菌落数乘2代表全平板的菌落数。
6、当计数平板内的菌落数过多(即所有稀释度均大于300 CFU时)，但分布很均匀，可取平板的一半或1/4计数。再乘以相应稀释倍数作为该平板的菌落数。
7、菌落数的报告，按国家标准方法规定菌落数在1-100时，按实有数字报告，如大于100时，则报告前面两位有效数字，第三位数按四舍五入计算。固体检样以克(g)为单位报告，液体检样以毫升(ml)为单位报告，表面涂擦则以平方厘米(cm2)报告。
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