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气相色谱仪是以气体作为流动相（载气）。当样品由微量注射器“注射”进入进样器后，被载气携带进入填充柱或毛细管色谱柱。由于样品中各组分在色谱柱中的流动相（气相）和固定相（液相或固相）间分配或吸附系数的差异，在载气的冲洗下，各组分在两相间作反复多次分配使各组分在柱中得到分离，然后用接在柱后的检测器根据组分的物理化学特性将各组分按顺序检测出来。检测器对每个组分所给出的信号，在记录仪上表现为一个个的峰，称为色谱峰。
色谱峰上的极大值是定性分析的依据，而色谱峰所包罗的面积则取决于对应组分的含量，故峰面积是定量分析的依据。一个混合物样品注入后，由记录仪记录得到的曲线，称为色谱图。分析色谱图就可以得到定性分析和定量分析结果。
气相色谱仪点火困难或者反复熄灭怎么办？
首先检查气相色谱仪连接导线并打开离子室顶盖， 低压点火可直接观察点火线圈是否发红， 接地是否接触不良。高压点火可从气相色谱仪检测器中取出在外面打火，调节打火距离并检查充电电容是否漏电而使放电电压不够。如果气相色谱仪点火装置正常，检查是否气路有问题，例如氢气漏气、氢气流量不足、氢气载气流量比不正确、喷嘴堵塞或部分堵塞等。
值得注意的是环境温度、湿度对点火会产生严重影响，尤其在北方秋冬季，如果气相色谱仪长时间放置不用，由于色谱柱、检测器系统湿度较大，气相色谱仪检测器温度太低，火焰喷嘴产生水蒸气冷凝现象，也可造成点火困难或检测过程中反复熄火，使检测无法进行。此时应在实验条件如柱温、检测器温度及载气流量下开机恒温运行数小时，或者提高柱温和检测器温度，降低载气流量，缩短运行时间，驱除色谱柱、检测器系统中的水蒸气，同时保证室内温度、湿度达到气相色谱仪工作要求。
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