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荧光显微镜一般都用高强度的汞灯做激发光源。使用滤色片把不需要的光滤去，只留下激发荧光集团的高强度很纯的光线。这个单色的光线通过物镜照射到样本上之后，样本会被激发出发射光(荧光)，荧光和激发光都会沿着物镜光路返回，这样的话，就需要用一个二相色镜把激发光滤去，只让我们需要看到的荧光透过。
荧光显微镜的应用要点
荧光显微镜的应用要点
荧光显微镜是利用“光化荧光”成像，如果所选激发波长在肉眼所看不见的近紫外光区(320～400nm)，荧光的发射光谱也较普通光镜光源的平均波长短，光学分辨率提高。高能量的光子与电子碰撞，使得电子从基态跃迁到激发态。激发态的电子很不稳定，会重新回落到基态，这个过程中会消耗部分热能，并发出新的光子。新的光子能量比起初的光子能量低，因此波长更长。由于新的光子波长区别于入射光的光子波长，通过一定的光学处理方法将两束不同波长的光分开，从而使我们只看到发射出来的新光子(荧光信号)，也就是荧光显微镜看到的荧光图像。
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